口袋妖怪水晶苹果版是系列游戏的第二世代、第七个作品（美版为第六个，因为美版没有推出蓝版）金银版的重制版。它的冒险地区与前作的金银版相同，是城都地方，并且在通关后可以前往关都地方冒险。与金银版最大的区别就是在剧情方面增加了捕捉水君的内容，与可以捕捉N0.251雪拉比的内容，水晶版也是系列里面第一个可以选择女主人公的作品。
主人公在城都地区的若叶镇开始自己的旅行。首先要在空木博士处领取一只初学者神奇宝贝。此时主人公有三个选择：炎系的火球鼠，水系的小锯鳄，草系的菊草叶。之后，玩家就可以开始旅行了。
在旅行的途中，需要从坐落于各地的道馆收集八个徽章来获得挑战神奇宝贝联盟的资格，还需要与路上各式各样的训练家和野生神奇宝贝对战，并且收服想要的野生神奇宝贝，组成自己的对战队伍。
主人公也需要与邪恶组织火箭队对抗，阻止他们复活的妄想。主人公还可能在游戏中遇见传说中的神奇宝贝，如水君，炎帝与雷公。运气好的话还可以遇见凤王与洛奇亚，这些游戏要素都需要自己去发掘。
火箭队以新面貌再度出现，虽然他们的首领坂木已经不在了。他们在本作中的首要活动地区为城都地方。主人公将在桧皮市首次对抗火箭队，阻止他们切下呆呆兽的尾巴拿去出售。
随着剧情的发展，火箭队的阴谋一点一点显现出来。主人公需要捣毁他们在卡吉镇的地下基地，从他们手中夺回被占领的满金广播电塔……
在冒险中，主人公还会碰见从烧焦塔苏醒的一只传说中的神奇宝贝，水君。在这个版本中还有一个新人物，米那君，梦想着能收服水君。
在称霸神奇宝贝联盟之后，主人公可以通过搭乘浅葱市的阿哥号来到关都地方，在这片与城都地方连接在一起的地方再度展开新的冒险。同样，这里也有各式各样的训练家、野生神奇宝贝以及道馆在等待着主人公。
集齐十六个徽章之后，主人公将向着城都与关都的分界线处的白银山前进。在那里，小赤正在静静地等待着主人公。前去击败他吧，你将创造新的传说。
1、本作是唯一一个以种族值580的传说中的神奇宝贝作为封面的主系列游戏。
2、水君作为封面神奇宝贝的原因是因为水君在玩家人群中获得了极高的人气。
3、本作是第一个出现女主角的神奇宝贝主系列游戏。
4、如果不算上作为红绿版修正版本的蓝版的话，本作是任天堂第一次尝试制作神奇宝贝主系列游戏的资料片。
5、由于盗版汉化的BUG，GS球可以通过桧皮镇精灵中心得到。导致直接捕捉雪拉比。
6、因为移动适配器GB的存在，日文水晶版的很多设定与海外版完全不同，并且随着移动系统GB的关闭，很多内容在之后的复刻版心金魂银版中也没有出现。
7、某些在日文版中才能得到的道具实际上在海外版中也存在，但是没有任何方法获得。
1、桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝（在这个版本中是火球鼠）的玩家能够比其他版本中更早地收服到炎系神奇宝贝。
2、冰雪通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。
3、烧焦塔全部重新设计。
4、神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的雕像。
5、雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一个与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。
6、龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。
7、首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。
8、某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公；狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像。
9、部份训练家的台词改变。
1、狃拉出现在了冰雪通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。
2、鸭嘴火龙不再出现在烧焦塔，而是出现在白银山。
3、部份训练家站立的位置做了调整。
4、关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。
1、玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本。
2、水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
3、洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
4、凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
5、增加雪拉比的GS球（道具）剧情，可以捕捉雪拉比。
6、阿鲁夫遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
7、部分神奇宝贝获得新的升级技能。
8、在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝；
9、在中文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。
10、黄金市也有了很大的变化，神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方）
11、来到浅黄市，竟然发现有一座战斗塔（上网才有用）.……
