在游戏故事中，年轻的炼金术士意外的解开了炼金术的封印，而后他们又得知炼金术的尘封是为了保护世界，为了阻止炼金术彻底回归维亚德世界，他们踏上了旅途。
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剧情设定古老的大地维亚德。源于地水火风四种元素之力的古代科学——炼金术，长年被封印于阿尔法山深处的索尔
神殿。阿尔法山脚下的哈伊迪亚村，自古以来流传着守护封印的传统，虽大多数居民宁愿相信这只是个传说。
三年前风雨交加的夜晚，阿尔法山上空电闪雷鸣，随着大石落下，少年罗宾和少女杰斯敏失去了自己的亲人。 三年后，平息丧亲之痛的他们在探索索尔神殿时发现了被封印的传说中的存在——元素之星。但尾随而来的萨丢罗斯和梅娜蒂劫持了杰斯敏等人，要求用元素之星交换人质。同时出现在在萨丢罗斯阵营的还有3年前失踪的杰斯敏的哥哥加西亚。交换3颗元素之星后，突然火山爆发，守护神贤者之石现身。萨丢罗斯众只能放弃剩下的罗宾、杰拉德和火之星，带着杰斯敏等人
撤退…
游戏设定游戏故事发生在一个叫“维亚德”的巨大奇幻世界中，它和地球一样也由海洋和几块大陆组成。在续作《黄金太阳 失落的时代》中可知，游戏世界采用了地平说，几近椭圆的世界边缘是地之瀑布，海洋之水不断从那里落到无尽的深渊中。本作剧情发生在世界的中部，即安加拉大陆的东部和刚多瓦纳大陆的南部，主角的旅程贯穿了世界最大的两块大陆。
维亚德由神话中的四元素支配，世界中所有的物质都由地、水、火、风这四种元素构成。在游戏世界里，四元素可以由曾经最强大的力量，万能的炼金术操控。由于炼金术被尘封，导致在现在的维亚德里已经难觅其踪了。然而在世界各处，一些天资聪慧的人却生来就能通过精神力控制某一种元素，这些人就叫做炼金术士，他们通常不会向外界展示自己的特殊能力。
