《超级机器人大战R对战版》这是《超级机器人大战》系列在GBA上的第二部作品，除了15款常驻名作轮番上阵外，初次登场的剧场版《机动战舰大和抚子号》、《Gear战士电童》及《真盖特对新盖特》也加入其中。
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一年战争开始后，人们已经经历过了数不清的战争，战争令地球残留了很多伤痕，地球人在接受完全和平主义之下实行地球统一国家，因此战争也就暂且终结了。但这只是地球圈的内部，当地球圈外部来侵略之时，在完全和平主义的概念下的地球圈内部，军备的缩小，武器的废弃使他们几乎丧失了和外界对抗的能力。只有通过各个秘密基地所建造的机器人来和外星球战斗，最后取得胜利并与外星人和解。
但也正因为这场战役，使地球圈内的人认为完全和平统一主义下的国家很无能，随即建立了新地球联邦。但另一方面随着和殖民卫星的矛盾逐渐加深，从而诞生了由夏亚率领的新自护，之后，地球与殖民卫星的战争再次展开......
机体换装系统
机体换装系统 R的换装系统内容以及方法和ALPHA时差不多，同样是在开始下一话战斗前的INTERMISSION画面中进行。机体在换装后，他的性能（HP，EN，装甲和运动性等），武装（武器种类，武器数量以及武器攻击力等等）甚至机体的地形适应性也会和换装后有别，所以是否换装便要预先有准备。已知对应这个系统的集体由X系列的机体（例如：GX可以换装成GX DIVIDER），机动战舰系列的机体（例如：艾斯特巴利斯OG，炮战和空战等形态）以及今集主角机艾克萨兰斯，至于主角机的形态，主角机竟可以一共换装成五种不同的形态！比ALPHA的晓击霸MK-Ⅲ还要多。
主角机的各种形态
地面战的艾克萨兰斯STRIKER，重视攻击力。泛用机动兵器Excellence的一号框架。由于是设计成陆战用的机体，右手装备了可以装卸的臂部武器系统（Arm Weapon System），机体背面装备了喷射装置，和重力控制装置配合使用可以在地面上高速移动。
