在游戏中玩家操作一位神奇宝贝训练家游历丰缘地方、战胜八位道馆训练家并挑战四天王及冠军。主角借助神奇宝贝球收服神奇宝贝，并用收服的神奇宝贝与他人对战。除保留了红蓝宝石版中新引入的神奇宝贝外，绿宝石版还包含了《口袋妖怪 金·银》中的部分神奇宝贝。绿宝石版引入了烈空坐的剧情，并加入了通关后的对战开拓区。
《口袋妖怪 绿宝石》的故事设定在与前作的关都地方和城都地方有一定距离的丰缘地方。丰缘地方的设计基于日本的九州岛和九州地方；然而丰缘相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。 [3] 像九州一样，丰缘地方拥有许多小岛，地区的一部分被海路充斥，玩家在其中的一部分海路中可以潜水。増田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地方是个有“丰富缘分”的场所，表示人与神奇宝贝关系的主题
游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者神奇宝贝。主角的朋友兼劲敌也是一位神奇宝贝训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换神奇宝贝来完成神奇宝贝图鉴。 [5-6]
在旅途中他们遭遇了火岩队和水舰队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代神奇宝贝后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的神奇宝贝烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地方四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问大挑战地区。
主角搬家来到丰缘地方的未白镇，被小田卷博士赠予神奇宝贝图鉴，踏上了冒险之旅。
在红蓝宝石版中火岩队和水舰队会根据玩家选择的版本出现一个。在绿宝石版中，火岩队和水舰队将会同时登场。主角将要阻止他们的阴谋。
脖子上悬挂着神奇宝贝领航员，戴着墨镜的神秘男人。在绿宝石版中首次登场的他名为“金雀儿”。冒险中，主角在各种各样的地方同他邂逅。是对战开拓区的老板，只允许自己认可的训练家进入设施。
当受到敌人袭击时会从口中吐出肚子里形成的火球来攻击。最害怕伸手不见五指的黑夜。
在森林里的大树中筑巢而居。会激烈地威吓侵入地盘的敌人。被称作保护森林之树的神奇宝贝。
在陆地上，会用4只脚用力蹬地，发挥出举起巨大岩石的力量。会把身体埋在水边的泥土里睡觉。
一直在臭氧层里飞行的神奇宝贝。据说当盖欧卡与固拉多互相战斗时，它就会降临地面。
在红蓝宝石版中，进行双打对战的训练家是并排站立的。在绿宝石版的冒险过程中，在不同位置站立的两个训练家如果同时发现主角，同样会开始双打对战。其中不乏躲在暗处的训练家
在绿宝石中，当神奇宝贝自草丛中出现和飞出神奇宝贝球的时候，会有表情丰富的动作。有强有力的呐喊，有心情舒畅的振翅。每个神奇宝贝的动作都不同。
支持大师球，升级糖等可选作弊
