《游戏王命运之旅经典版》游戏故事讲述，游戏的历史，可以追溯到5千年以前，也就是古代埃及时期。古老的游戏，足以预言人类与及法老王的到来，也是一种可以决定命运的魔法仪式。当时的游戏被称为神秘黑暗游戏。
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决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了决斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的稀有卡猎人也参杂其中。
战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而之前被游戏等人打败的“五巨头”，为了抢夺游戏等人的身体而将他们拉入虚拟世界展开决斗，决斗中，他们发现五大老身后隐藏的名叫乃亚的小孩，却是海马的养父海马刚三郎的儿子！！一场大战即将展开。
