《寄生前夜2剧情版》是根据作家濑名秀明的同名科幻小说改编的动作类角色扮演游戏系列，由日本Square公司制作并发行，讲述的是人类体内的线粒体开始觉醒并反过来攻击人类的故事。系列二代取消了ATB系统，战斗方式变成了简单易懂的动作射击，游戏的画面表现也更加绚丽，剧情方面也十分扑朔迷离换盘方法：当游戏提示“请放入2号光盘”时，点击“ll”按钮再点击“换碟”按钮，在弹窗中选择另外一个文件，再点击“重新启动”即可，换盘后请勿读取换盘前的模拟器存档，否则会再次提示换盘
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在亿万年间，生物都在不停的进化。而在生物的体内，直接提供能量的是线粒体。线粒体的进化速率快于生物本身，以致线粒体已经有了意识，并且拥有强大的力量，甚至可以幻化出人形。于是在某个时刻，线粒体终于爆发了，它们要消灭人类，主宰这个世界。
线粒体选择了游戏主角AYA（阿雅）的姐姐MAYA（玛雅）。因为MAYA及其家人曾经在医院签署过器官捐献协议，因此线粒体为了寻找到更好的宿主，刻意制造了一场车祸导致MAYA丧生。
之后MAYA的肾脏和角膜被运往美国，分别移植给了在卡内基音乐厅的演员Melissa（梅丽莎）和天生右眼弱视的妹妹AYA，而线粒体最终在Melissa的身体里产生了名为Eve（线粒体夏娃）的人格并等待行动的时刻。
进化的线粒体就分别寄生在这两个人的身体里，同时线粒体开始选择了两条不同的进化方向：是毁灭？还是共生？情节就围绕着这个主题来展开。
