《神机世界联机版》遥远的约定在前作中受到好评的自动生成地牢（每次进入结构及内藏道具都市变革），在二代中保留为训练基地用。谬杰比鲁西边的「第斯斐亚之塔」便是这种地牢。通常会去探险的遗迹都是牢固结构的地牢，内里有以往所未曾出现过的种种陷阱和结构，信赖能玩出刺激感统统的冒险记！
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有一天，从位于遥远的海洋另一边，帕鲁迪亚大陆的索席耶堤博物馆，透过其位于帕南姆城的分部提出了“希望能邀请该地最强的冒险家过来”这个要求。玛格、莉妮亚、葛雷，青因（硬要跟来的）等4人，受到请托，就这么坐上了来往大陆间铁道的列车，往帕鲁迪亚大陆而去。途中受到了觊嵛索席耶堤挖掘品的盗贼团“红狼”及其头目卡尔卡诺的袭撃，还好击败他之后平安地到达谬杰比鲁。玛格等人见过了索席耶堤首席白发老头之后，又受到他的请托，要去调查遗迹。
改造武器是先史文明人为了支撑本身日渐衰竭的肉体，所用的举措支撑工具总称。在当代则是被许多冒险家用来当做探索遗迹的道具。改造武器在战斗时能发挥壮大威力，比通常的打击更能造成敌人严重受损。并且具有非常多的变革性，藉由互换零件能发挥出差别的结果。EVOLUTION２中也增加了改造武器的种类，更能利用于战斗以外的目标！
遗迹及训练地牢等冒险的地方，一次可以1组3人共同前往，当解开一个先史遗迹之谜后，就会演出一段精彩动画，休息后的冒险伙伴们就会展开另依段冒险的旅程。在探险中，将会遇到近百种各式各样的敌人，玩家一定冒险处将潜伏其中的敌人（怪兽）打败，并找出各式各样的道具！经过鉴定组合后，可变成神奇的物品喔！有些东西可不好收集，在探险中，一定要有耐心的！每个冒险者皆有擅长的武器及专用的武器配备和武器升级方式，除此之外，所鉴定的物品五花八门，无论释回复系、治疗系、攻击系的物品之外，还包括攻击辅助、能力上升的，也有探索辅助等个是有趣的物品，除次之外，还有一些关于先史文明等神奇的物品。
