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在遥远的彼方世界，长久以来的和平被巨大的邪恶力量破坏。帕拉梅西亚帝国皇帝从地狱底层呼来了大批魔物，向全世界发动总攻击，妄图征服世界。菲茵王国、卡修昂王国、迪斯特王国联合起来竖起反旗进行抗战，然而在帝国压倒性的军事力量与魔物们面前，反帝斗争屡战屡败，最终菲茵城陷落。有4位居住在菲茵王国的年轻人失去了故乡，他们的亲人被帝国军杀害了，四人在敌人执拗地追击下连续逃亡。
在皇帝带领下，帝国军四处侵略，他们破坏了主角们的家乡，并且主角之一的雷恩哈特被皇帝抓走。之后主角们在与帝国军暗地里对抗的原菲茵城的起义军一起作战，先后取得兵器矿石米斯里鲁，炸毁大战舰，取得究极魔法，期间牺牲了数个战友，最后4人奋力杀进皇帝的大混乱城，消灭了引起战乱的罪魁祸首。
游戏中玩家将带领队员们在不同的大陆中冒险，体验角色的成长过程。游戏中大部分时间用来和城镇居民对话，并通过搜集信息来知道更多的地点、事件与秘密。玩家需要对这些暗示做下记录以便之后参照。
关键字系统：该作登场人物所说的重要台词皆以“高亮”表示，能相其记录起来以便故事进行，若询问他人时只出现“？”就表示那词并不在他回答范围。这种关键词系统也成为了游戏的亮点，使用各种关键词获得一些隐秘的对话也成为了游戏的重要目标之一。
取消职业：游戏中的除了加入的临时角色有比较模糊的固定职业之外，大部分角色是没有任何职业的纯“自由人”，玩家可以通过各种武器和平时的战斗方式，任意塑造角色，如使角色有魔法师，战士的能力，甚至两者兼备。
游戏故事发生的世界仍是以中世纪欧洲为蓝本的世界，不同的是，这里除了剑与魔法外，还有机械组成的飞空艇与地上战舰，成为了游戏系列的招牌之一。游戏剧情发展进入了一个充满戏剧以及悲剧性的气氛中，角色的牺牲也就变成了游戏的另一大特点，不同角色的牺牲在一定程度上让玩家更能投入其中。（太平洋游戏网评 [3] ）
《最终幻想 II》为其后的游戏系列奠定了基础。角色和情节发展也就是从该作成为系列游戏的重点所在。另外还有一些有趣的小设定一直沿用至今，例如每款作品中总会出现的一些名字，如飞空艇船长等，家喻户晓的“陆行鸟”就是在《最终幻想II》中首次登场。海中巨兽在该作中也以怪物形态首次亮相，另外“终极”、“流星”等FF史上经典魔法也是在该作中开始出现。
