《机动战士高达：高达VS高达》是加入了大量新机体的高达游戏。这个游戏在各个基础上对进行了不小的调整，游戏有全部动漫的人物角色，还有全通的游戏关卡。
射击Combo：本作最主要的系统！以往的作品中射击攻击后，会有一段时间硬直，无法输入其他攻击指令（除了CSC）。本作几乎所有机体都可以通过不同的射击指令（射击，副武器，特射，特格）而形成射击Combo。
倒地受身：本作，自机被敌人击倒地后，推遥杆或攻击键可以快速后空翻起身（个别机体还有跳跃键的特殊起身）什么都不按的情况下自机会同以往作品一样原地慢慢起身，最快受身和最慢起身间的时间差非常大。利用这点可以在被击倒以后根据战况进行二择。
格斗种类：出格斗的方式一共分为7种。与UC系列类似，并加入了一些Seed系列的格斗。
共分为地面通常格斗，地面Step格斗，空中通常格斗，空中Step格斗，后格斗（方向后+格斗），Boost Dash格斗，特殊格斗（格斗+跳跃）。另外一些可变形机体还有变形格斗，一些格斗中还有派生格斗。
要注意的是，本作中只有当自机与敌机双方都在地面的时候才能出地面通常格斗与地面Step格斗。当敌机在空中时即使自机在地面，直接按格斗键仍然会出空中通常格斗。由于经常需要Boost Dash来移动，所以能出地面格斗的机会相对比较少。
Step cancel取消：Seed系列中被定为基本功的Step cancel取消了，机体做出Step动作后，在动作结束前按跳跃键将没有任何效果。（不过，Step枪的动作仍然可以用跳跃键来上升，不过，如果只是轻点一下的话仍然不能取消硬直而再次Step）Seed系列中机体左右飘忽不定的动作没法再做了。
相对，UC时代盛行的在空中通过点放跳跃键而让机体上下飘忽不定的战术又开始流行。不过，同样是这样操纵，一些机体如?高达和F91高达的上下漂浮的性能就非常好，但一些机体如Strike Gundam，Wing0高达的性能就相当差。
Green Homing取消：Seed destiny中的Green Homing技巧也被取消了，不过换来的是一些机体如ZZ高达的High mega cannon和XM-07 VIGNA GHINA的援护攻击可以在绿锁定下仍然有跟踪性能。
CSC再锁定取消：Seed系列中的蓄力射击（Charge Shoot）虽然保留，续接蓄力射击（Charge Shooting Cancel 也就是CSC）也保留，但CSC的再锁定取消。玩过Seed系列的都体会过，Seed系列中，比如先出个格斗被对方闪过，这时立刻CSC的话，蓄力射击会再次对准敌机方向进行攻击。
使得有蓄力枪的机体在近距离对峙战中有了一个杀手锏。在GVG中，很多机体搭载了蓄力枪，然而GVG中，先出格斗被对方闪过，这时立刻CSC的话，蓄力射击不会转变方向而是对着格斗挥空的方向进行攻击。
简单说，GVG中利用蓄力射击而做格斗被闪过的保险这一战术无法使用。（不过，一部分机体仍然保持了如同Seed系列一样的再锁定的性能，比如自由高达，V2高达的AB装备形态）
跳跃：根据按键长短来决定高度，同时可用方向键来调整方向，消费BD槽。
防御：有盾牌的机体，可以快速输入方向键的↓↑来使用盾牌。
STEP：快速输入同一个方向两次，可以作出侧移，前冲和后移的动作，消费BD槽。
NEXTDASH：简称ND，本作新加入的系统，游戏的核心，快速点两次跳跃键，可以取消攻击的硬直（部分攻击方式不可）消费BD槽。
BOOSTDASH：简称BD，快速输入点跳跃键，并且点第二下的时候不松开跳跃键，可以进行长时间的冲刺，方向键可以调整冲刺方向，消耗BD槽。
主射击：武器栏的第一个武器，简称主射，按射击键使用。
副射击：武器栏的第二个武器，简称副射，射击键和格斗键同时按下使用。
格斗：按格斗键使用，连续按键的话可以形成连续技。根据使用机体不同，可以分为地格，地横格，空格，空横格，前格，后格和侧格。
蓄力射击：长按射击键的话，某些机体就会使用强力的蓄力射击。
特殊射击：射击键+跳跃键。简称特射。根据机体的不同，其效果也不同。
特殊格斗：格斗键+跳跃键。简称特格。同样是根据机体的不同，效果也不同。
援护攻击：格斗键+射击键+跳跃键。援护分为三种：攻击型，跟随型和防御型。某些援护可以起到弥补自机缺点的作用。
