《JUMP究极明星大乱斗》是只需要轻触画框中的角色就可以重新选择角色的游戏。这个游戏版本会有超过300名的游戏角色，游戏里的每个关卡都有数个通关的条件。
在模拟器的设置选项中，可以自行设置对应按键。
十字键 控制人物移动（按↓为抵御）
L/R 自定义快捷键
A 跳跃（可进行二段跳）
B 轻攻击（配合方向键可进行多段攻击）
Y 重攻击（配合方向键可进行多段攻击）
X 必杀技
↑+ X 第二必杀技
触摸屏 切换角色、使用漫画格能力
Select 特殊技
J宇宙中每个关卡都有数个通关条件，以不同条件完成关卡，所得到的奖励也不同。
基本条件有生存：不能复活，杀死所有敌人即胜利；
积分：可以不断复活，每打倒一个敌人累计1分，完全打倒敌人累计两分，死亡损失1分，最后比谁分高；
护卫：保护同伴一定时间内不受伤害；
破坏：摧毁所有的墙壁；
徽章：取得所有徽章；
争夺：取得指定道具并持有一定时间。
游戏分J宇宙关卡冒险模式、冠军模式、连机模式和编辑模式等。
关卡冒险模式：这是游戏的主模式，玩家必须使用自己手中的漫画人物去拯救J宇宙的同伴们。
冠军模式：社团排名争夺战，可玩性很高。
连机模式：除了普通无线连机外还可以使用WiFi。
编辑模式：功能更加强大，具体使用方法在关卡模式中有教程可以观看。
