赛尔达传说梅祖拉的面具讲述了主人公林克接受了塞尔达公主的任务，到达Termina，被骷髅小子变成了一个德库人，遇见了面具贩子，经历了时钟镇、德库王国、戈隆王国、佐拉神殿、死亡迷宫，最终打败了骷髅小子，拯救了Termina的故事，很直白很简单。
林克进入了和海格尔平行的另一个大陆塔米尼亚，然而这个世界将在三天后月亮会从空中落下，世界将会毁灭。在有限的时间里，林克需要找到防止月亮落下的方法来拯救世界。
林克
和时之笛中一样，穿着绿衣服骑着马的勇者。
骷髅小子
带着面具的少年，从林克手中抢走了时之笛，是故事的关键人物。
各种面具
每个型态皆有其独特的能力：德库林克身体很轻能进行滑行，但不能遇火。哥隆林克拥有惊人的力量，但是因为身体太重而不能游泳。索拉林克能够潜水，通过手腕的回旋镖进行攻击的。
冒险中时间一直在流逝，三天后世界将会毁灭。林克使用时之笛能够回到第1天早上重新开始冒险，面具、武器等将会保留，但钥匙、解开的谜题、道具、和其他角色的互动都将被重置。
塔米尼亚大陆上所有角色的行动都由时间严格控制，林克跟一个人对话也许会改变其他人的命运。而当使用时之笛回到过去时，其他人的行动和记忆都会被重置，玩家在冒险过程中需要时刻关注剩余的时间。
