《口袋妖怪 水晶》是系列游戏的第二世代、第七个作品（美版为第六个，因为美版没有推出蓝版）金银版的重制版。它的冒险地区与前作的金银版相同，是城都地方，并且在通关后可以前往关都地方冒险。与金银版最大的区别就是在剧情方面增加了捕捉水君的内容，与可以捕捉N0.251雪拉比的内容，水晶版也是系列里面第一个可以选择女主人公的作品。
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本作是任天堂在《口袋妖怪金银》之后的一年发行的游戏重制版，《口袋妖怪水晶》不仅引入了前作的关东等地区，还加入了许多全新的冒险区域。游戏的故事首先开始于若叶镇，火球鼠、小锯鳄、菊草叶是本作的御三家，玩家将会与火箭队进行战斗，阻止他们复活的阴谋，许多神兽pm也首次在本作中登场。
1、全新场景更多任务，肆意奔跑勇闯剧情。
2、青山绿水的自由之路、神秘的迷路森林、诸岛试炼的日月湖畔、神兽出没的启示之林……全新地图带来全新体验!
3、居心叵测的迷雾研究所，带来基因感染的杜妮可丝，更有陷入危机的吊桥大轮战……更多真相，等待你亲手揭破!
4、完全不同的神奇宝贝世界，玩家可以自由面对新的冒险。
1、经过不断的挑战后，您可以快速升级自己的等级，还有更多可爱的精灵等待着您。
2、游戏极大地恢复了动画中的精灵，增加了新的情节，简单的游戏玩法，玩家可以轻松体验。
3、体验激烈的指尖战斗。随着地图的不断扩展，更多新颖有趣的游戏将被解锁，并与朋友一起探索神秘的像素世界。
4、趣味的玩法模式，能与玩家和NPC进行对战，展示你的小精灵的强大。
化石盔 在房间里使用穿洞绳，出来再进去
化石翼龙 在房间里用闪光
凤凰 把凤凰放在第一位，同时身上带有圣灰
菊石兽 放水君在第一位，同时身上携带水石，进去就会开
1、桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝。
2、冰雪通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构，烧焦塔全部重新设计。
3、神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的雕像。
4、雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。
5、龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。
6、首次添加了神奇宝贝的登场动画，某些神奇宝贝的图像重新设计，部份训练家的台词改变。
1、狃拉出现在了冰雪通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。
2、鸭嘴火龙不再出现在烧焦塔，而是出现在白银山。
3、部份训练家站立的位置做了调整。
4、关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。
个体值
概念：个体能力基数值，决定同种族PM之间能力值的差异。
种类：分为HP、攻击、防御、速度和特殊五种能力，每种能力又分为16个等级。
努力值
概念：通过努力培养而得到的数值，是最终能力值的必要补正值。
说明：未参加过战斗的PM努力值为0，最高为63002。努力值不会减少。
种族值
概念：PM种族的能力基数值，决定不同种族PM之间能力值的差异。
特点：它是一类完全固定的数值，不同种类的PM有不同的种族数值。
