《火影忍者：无幻城之卷》的游戏方式是类似于《究极的英雄》的格斗类游戏，但是本作的剧情将会完全原创。故事舞台为在木叶村上空突然出现的神秘城堡“无幻城”，在剧情模式中，玩家将扮演主角一行人，为了揭示悬浮于木叶上空的神秘城堡之谜奉命潜入。剧情模式中除了格斗要素外还有许多机关需要玩家来解开，在途中要不断的打倒阻碍我方的敌兵，最后登上城堡顶层，解开操纵城堡的“雾姬”身世之谜。
无幻城：无幻城鸣人主线故事模式（1F-100F）
里·无幻城：自来也主线故事模式（地下层（B1F-B30F）
强敌和决斗）：单机对战模式
通信对战：连机对战模式（待机所进入，最多连接者15人）
鸣人点数消费：以逛街的模式进行，最多9800P（即980M），途中能遇忍犬（选择卷1/2/3，分别奖励10P/20/P/30P）
鸣人的家：欣赏人物/游戏图片（63张）、音乐（11首）、视频（8段）、写真画面（10段）
设定与变更：“强敌与决斗”难度调整、游戏操作设定、游戏音量设定三部分
该游戏是通过PSP模拟器实现在电脑上运行游戏的，所以游戏的按键是对应PSP上的按键，WSAD分别代表△×□○、IKJL对应的是PSP的左摇杆、空格代表START、V键代表SELECT、方向键对应PSP上的方向键、Q和E分别代表PSP的L键和R键。
IKJL键：角色移动
D键：攻击
S键：跳跃
A键：投掷忍具
W键：释放查克拉
E键：防御
如果你不习惯默认的按键分配，也可以在[设置]中点击[按键映射]，自行修改按键配置。
斗卷：战斗卷。战胜对手即可。典型格斗能力。
影卷：模仿卷。跟着鹿丸做动作，三回或5回成功即可。记忆能力。
木卷：爬树卷。像赛车一样，途中有障碍物需要躲避，也有鞋子吃掉用来加速，到达终点即可。反应能力。
身卷：分辨卷，记住老师出现时样子，判断三个人中和其相似的一个，判断正确即可。判断能力。
乐卷：娱乐卷。典型老虎机，777或火影图片可得奖励，初始15枚，摇到一定硬币即可。眼力。
谜卷：问答卷。依鲁卡会问你一些原作中的问题（每次1个），原作的熟悉。
随着故事情节的发展，会有不少角色加入，游戏的难度也会不断提高，随之奖励P点也会不断增强。
在地图上除了空格，还有五种已被填充的点，为上层前进点、下层前进点、藏宝点、剧情点和治疗点、（即：符号上/符号下/宝/剧/愈）。
