《机动战士高达SEED：联合vs扎夫特》是有着各种游戏模式的机甲游戏，这个游戏版本将系统进行了调整，而且游戏的战斗也是更加的激烈，此游戏还允许4个人一起进行通信对战哦！
フリ-バトル自由对战模式：此模式可以进行2-4台MS的对战，默认为2台一组，按LR键可以调其他MS的分组，机体选择等。地图，人物等级，机体等级以及觉醒爆种时间也都均可以自己调，十分灵活的对战系统，可以用来练习。
ミツシヨン剧情任务模式：此模式是游戏中最值得研究的模式，关卡非常多，（并且分联合和扎夫特篇），声优演出多（原声，原剧情），第一次打每个新任务出现的并不是按数字顺序。并不是一开始就可以用强袭这样的机体，玩家只能作为一名联合或扎夫特的下等士兵一步一步的随着基拉或阿斯兰的步伐走向最终结局。
在这个模式中执行任务时最多只有4台机体可供选择，而且机体必须自己一步一步的打出来。具体是在任务完成后电脑给予评价，然后根据评价来给予SP值，用SP值来换乘机体，并且路线是固定的（升级路线见下表），因此在剧情任务模式里变相的多了一个收集MS的系统设定（PSP界面下SAVEDATE那可以看见MS的收集率）。
ア-ク-ド街机模式：此模式属于FANS向的任务模式，在此模式中可象对战模式那样随意选择人物和机体进行游戏，并且从所选任务的角度展开剧情（例如选强袭高达，再选穿联合军服的基拉，就会从TV版他首次登场时的剧情开始。
但例如还选强袭高达，再选穿ZAFT军服的基拉，就会从TV版里他得到FREEDOM并回到地球时的剧情开始；换句话说，选某机体再选默认给予的角色就会从此人TV里首次登场的剧情开始战斗，选某机体但不选默认的角色就会从所选那角色的剧情开始战斗）
通信プレイ通信联机模式：此模式可联机与2-4人进行对战模式那样的游戏，也可选协力一起打街机模式的游戏，不过选机体和驾驶员有时间限制，好像是28秒。
想要开好MS或MA，第一点就是要做到回避攻击很出色，别人怎么都打不到你。回避上遵循远距离战一直处于移动状态，但是要等对方发动攻击再进行冲刺回避，如果乱冲刺就会再僵直时间里遭到攻击。
后期敌人很难缠，所以冲刺回避时要稍微调整方向，跳跃是一种回避的好办法。SEED有个不好的方面，只要有敌人就一定会自动锁定，如果可以随便放弃锁定，那回避起来是最方便的。并且只看右上角的小地图可以很轻松的攻击。
射击看起来简单，其实是非常有讲究的。根据对方的状态要决定射击是否能打中。例如敌人侧向大幅度移动的时候就很难击中，即使长按射击键打提前攻击，它也会在子弹快打到时改变移动方式使得攻击落空，所以不推荐这种时候浪费弹药。
当敌人开始略带前进时，就是射击的好时机了，如果所用机体是有储力攻击的就更方便。连射某MS3枪会倒。倒时攻击无效。
如何格斗：格斗因为视角的变化有时会显得很混乱，不是很容易控制。一般连招后就可以闪人了。或者砍一刀，稍微停顿0.5秒左右再砍，这样可以连续砍它而不至于把它砍倒后失去攻击机会。
