故事发生在一个和日本非常相似的国家，但是在制度上有着本质上的不同，这个国家实施着一种被称作义务制的制度。相应的，在这个国家里，并没有现代社会里通常意义上的监狱和罪犯，取而代之是对违反了法律的人，课以相应的义务，而监督这些负有义务的人群的，就是被称作特别高等人的国家公派人员。
主人公森田贤一是以“特别高等人”为目标的候补生，经过多年的努力和磨难之后，他准备接受特别高等人最后阶段的考试。为此他回到七年前离开的家乡边境小镇。只要完成小镇上三个负有义务的少女的监督和更生（甦生），他就可以正式成为特别高等人。经过几个月的艰苦努力，预期目标全部达成。然而在这个过程中，主人公一步步揭开自己的童年记忆，在取得特别高等人头衔的同时，他必须用全部的智慧和力量与自己的过去以及国家机器做斗争。
主人公森田贤一以对罪人更正指导为工作的“特别高等人”为目标，为了最终考试，来到了某个村庄。和背负着“1天只有12小时”“成为不了大人”的义务的少女们开始了学园生活，却在遇到了“不能恋爱”的少女·夏?之后，贤一的命运的齿轮开始脱轨。在山崖的角落里修建的自己的坟墓，在山的洞窟中隐藏着的父亲的遗产无一不紧逼着贤一。被赎罪所疑问的男子所看见的，车轮之国的真实是！这是有着以轻妙的。
