口袋妖怪：魂银免通讯进化版是一款角色扮演类冒险游戏。故事设定于游戏世界的城都地方。玩家在游戏中的基本目标是通过培养神奇宝贝同其他训练家对战，进而成为城都和关都地方最出色的神奇宝贝训练家。
小响（ヒビキ）和琴音（コトネ）
小响和琴音是玩家在游戏中的化身。没有被选择的角色将会在游戏过程中帮助主角。故乡是若叶镇，与妈妈住在一起。
阿银（亦译小银，シルバー）
阿银是主角在冒险旅途中的对手。多次出现在主角面前，与主角一决胜负。火箭队首领坂木之子。
空木博士（ウツギ博士）
空木博士是一位住在城都地方的若叶镇里的神奇宝贝博士。把三只初学者神奇宝贝（菊草叶、火球鼠和小锯鳄）送给新人训练家，让他/她帮忙去神奇宝贝爷爷的家。
米那君（ミナキ）
米那君是主角在圆朱市初次相遇的角色。多年来他一直在追寻“北风的化身”水君未果
大木博士（オーキド博士）
大木博士是关都地方真新镇研究神奇宝贝的博士。身为博士的委托人去拜访神奇宝贝爷爷的主角，在老人的家中邂逅了大木博士，收获了神奇宝贝图鉴。
钢铁（ガンテツ）
钢铁是一位制作特殊的神奇宝贝球的工匠。钢铁的神奇宝贝球是手工制作的，因此没有商店能够买到
默默无闻的主角是一名来自若叶镇的新人神奇宝贝训练家。游戏伊始，主角需要在空木博士提供的三只初学者神奇宝贝菊草叶、小锯鳄和火球鼠中选择一只作为搭档。在应空木博士要求联系一位老人后，主角获得了自己的神奇宝贝图鉴，并正式开始了自己的旅程。主角的目标是为了成为城都和关都最出色的神奇宝贝训练家。玩家需要培育神奇宝贝，收集神奇宝贝图鉴，击败八名城都地方的道馆训练家以收集徽章，挑战地区中最强大的训练家——四天王及冠军。而后，主角在关都地区挑战当地的八位道馆训练家，最终在白银山顶对抗游戏的BOSS小智。
游戏过程中，主角将会直面来自关都的敌对组织火箭队的成员。他们起初被《火红・叶绿》的主角挫败， 后蛰伏等待头目坂木卷土重来。为了联系坂木，他们占领了广播塔以进行联络。
故事设定于游戏世界的城都地方和关都地方。关都地方源自日本的关东地方。城都地方的设计来源于日本的关西地方和东海地方，这两地的许多寺庙和传统日本建筑都在城都地方有所体现。满金市类似于大阪，其磁悬浮列车直达关都地方的金黄市，这与新干线连通大阪和东京相似。此外，圆朱市与京都市类似，圆朱市内的烧焦塔和铃铛塔与鹿苑寺和慈照寺相似，鹿苑寺标志性的凤凰雕塑是凤王的原型。
