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KOF99的故事进入了NESTS篇，主人翁由一直以来的京换成了K’。“召开KOF”——世界各地的格斗家们又收到了邀请函。格斗之王大会将再一次召开！但是这次的气氛似乎有些不同。在招待者的背后，似乎完全没有那种世界大会般规模的支持者。在格斗家们觉得不可思议的时候.......
防御破坏
每个角色都有一定的防御耐久值，受对手连续攻击时防御耐久值便会减低，当超过极限后，就出现角色防御不能状态。
COUNTER HIT
COUNTER HIT是击溃对手特殊技、必杀技、超必杀技、“反击模式”和“装甲模式”状态下的通常技和奔跑，除攻击力加强之外，对手在倒地前会再次出现被攻击判定，此时能以任何方法作空中追打攻击。
反击模式
超必杀槽全满（3条）时，同时按A+B+C，发动后在倒数完毕前（大约22秒）可随意发动超必杀技；并可SUPER CANCEL，也就是必杀技接超必杀技、特殊技接超必杀技。反击模式后，该角色的超必杀槽被删除，一段时间后才可以恢复使用。
装甲模式
超必杀槽全满（3条）时，同时按B+C+D，发动后在倒数完毕前（大约9秒）不论受到任何攻击亦不会倒地，防御时不扣体力。装甲模式后，该角色的超必杀槽被删除，一段时间后才可以恢复使用。
超必杀技
消耗一颗援护珠，体力槽见红闪烁时则自动转为MAX超必杀技。
