拳皇99电脑版是一款经典的街机游戏，格斗大会进入新的篇章"N.E.S.T.S"篇。一九九九年的世界格斗大会依然如期举行，这次大会是由神秘组织的首领古力查利度举办，他通过大会收集各地格斗家的数据，并试图将其克隆，亡图控制整个世界，他误以为K'是自己的克隆人，可是他万万没有想到，自己才是K'的复制品，古力查利度在被K'击败后，被克隆零宣布处死，自己也被N.E.S.T.S组织擦去了全部的记忆。快来下载体验吧！
KOF的故事在97年打倒大蛇后似乎就已经结束了。K"也接替了草雅京以及八神庵的主角地位，K的身份无从参考,似乎是WHIP的弟弟?
KOF99再次放弃前作成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩
短了紧急回避的距离,加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。KOF系列也首次引入
STRIKER和SUPER CANCEL的概念,并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，
但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间， 恢复后才能重新集气。
防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻,防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。
取消了能量槽的继承系统。
缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。
首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
一、草薙京和八神庵乱入
八神庵
—以完整队伍出战 ·当战胜五队后，评分必须超过200分，甚至280分以上。
—达成以上条件后，战胜最终BOSS。
—战胜最终BOSS后，游戏的评分在200分以上、280分以下时，隐藏人物 --- “八神庵”便会乱入向玩家发起挑战。
草薙京
—以完整队伍出战 ·当战胜五队后，评分必须超过200分，甚至280分以上。
—达成以上条件后，战胜最终BOSS。
—战胜最终BOSS后，游戏的评分在280分以上时，隐藏人物 --- “草薙京”便会乱入向玩家发起挑战。
二、隐藏结局
本作中存有3个隐藏结局，2个特别结局，分别如下：
1、选主人公队，打败boss之后出现的真草薙京就会出现和其他队打倒草薙京不一样的剧情
2、选饿狼传说队，用不知火舞KO最终boss，那么之后就会出现饿狼队的另一结局
3、选超能力战士队，用椎拳崇KO最终boss，那么之后超能力队的结局会有一些变化
4、队伍中有草薙京（不能有八神庵，而且不能随机选到），会出现草薙京特有结局
5、队伍中有八神庵（不能有草薙京，而且不能随机选到），会出现八神庵特有结局
