口袋妖怪：不可思议迷宫是Spike Chunsoft开发的任天堂3DS角色扮演游戏，为《宝可梦不可思议的迷宫》系列的第6作，也是《宝可梦》系列第六世代的组成作。在游戏中，玩家将化身为一位从人类变成宝可梦的角色，在与搭档相遇后，二人将开始在宝可梦的世界里进行冒险，并与传说宝可梦和幻之宝可梦们一起解决所在世界面临的危机。
某天，主角醒来时，发现自己身处陌生的森林中。
由于口渴，主角走向了附近的湖边喝水，偶然看到倒映在水中的自己，竟然是一只幼年宝可梦。
除了自己曾是人类以及自己的名字之外，主角什么都回想不起来。
在森林里，主角受到了长鼻叶的帮助，并被安顿在恬静村的长鼻叶家中，随后主角还初次遇见了搭档。
经历了各种各样的事件后，主角和搭档加入宝可梦调查队，开始在世界各地冒险。
而为了解决世界所面临的危机，二人与传说宝可梦和幻之宝可梦们一起合作，最终击败了幕后黑手
装备
联系球：可以显示与玩家建立联系的宝可梦的道具。玩家亦能通过它接受任务。
保管箱：可以寄存和拿出道具以及宝可币的箱子。将道具预存在箱子里后，即便玩家冒险失败，箱子里的东西也不会消失。
环镯：宝可梦们的装备品，嵌上不同的琉石会有不同的效果。
拉普拉斯船票：出示船票后，玩家可乘坐拉普拉斯前往其它大陆。
点唱机：玩家可通过它听取游戏内的音乐，亦能听取《宝可梦不可思议的迷宫》系列游戏的部分音乐。
消耗品
宝可币：宝可梦世界流通的货币，玩家可以使用它购买自己想要的东西。
琉石：可以在迷宫中捡到的道具，它一旦离开迷宫就会消失。玩家需要将它镶嵌在环镯后才能发挥其作用，不同的琉石会有不同的效果。
摔角奖章：玩家可以使用它在”摔角鹰人招式格斗馆“改变宝可梦的特性。
金块：玩家可以在迷宫内捡到金块，还能在离开迷宫后用金块与迭失棺交换宝可币与道具。
魔人之壶：在迷宫内使用后，惩戒胡帕或解放胡帕就会出场协助玩家与敌人一起对战。
冒险模式
在游戏中，玩家需要多次进入不可思议的迷宫内探险。迷宫遍布于各地的洞窟和山脉，共有120种以上。即使是同一处迷宫，玩家每次进入时，其地形也会不同。迷宫由多个楼层构成，玩家需要找到阶梯才能进入下一个楼层。一旦进入迷宫，如果玩家突破了迷宫就能离开此地，否则就只能选择放弃才可以离开。
在迷宫内移动时，每一回合都会按照”主角→搭档→敌人“的模式进行移动，玩家可以操作主角，却不能操作其他角色的移动方式。在迷宫内受到攻击后，玩家的HP就会减少。玩家可以通过在迷宫内移动来回复HP，也可以使用道具或技能回复。宝可梦们还有着一种名为”饱腹度“的系统，一旦”饱腹度“变为”0“，宝可梦的体力就会不断减少，玩家需要及时喂食苹果等食物来回复”饱腹度“。
迷宫内有着各种各样对探险有所帮助的道具，同时也有着许多陷阱会妨碍玩家的探险。迷宫内还有着名为”精灵房间“的危险之地，虽然玩家在房间外面会看到许多道具，但只要玩家一踏入房间，立刻就会出现一大群宝可梦与玩家对战。
迷宫内，同样有着由变隐龙经营的商店，玩家在选择想要的道具后需要支付宝可币给店主才可以离开，同时也可以选择将自己的道具卖给店主。
当玩家在迷宫中冒险时，若HP变成”0“，玩家便会倒下。如果参与探索迷宫的成员全部倒下，那么冒险就会失败，玩家身上所持有的道具和宝可币会全部消失。而当玩家队伍全部倒下后，玩家可以选择求救。玩家需要自己选择并操作前来营救的宝可梦，如果完成了救助，那么玩家就能在之前倒下的位置复活并继续在迷宫内冒险，道具和宝可币也不会消失；如果救助失败，道具和宝可币会悉数消失，玩家只能选择放弃攻略迷宫。
连携
在探索迷宫时，玩家可以通过使用”连携“将敌人包围后进行围攻。使用”连携“后，分散在迷宫各处的同伴会聚集到使用者的身边一起发动攻击，原本属性不利或攻击无效的攻击在这时也会给敌人造成伤害。
