宝可梦绿宝石官方版是一款宠物养成战斗冒险游戏，是《宝可梦红宝石蓝宝石》的增强重制版。本作玩家可以捕捉的神兽是裂空座，这是一只一直在臭氧层里飞行的宝可梦。据说当盖欧卡与固拉多互相战斗时，它就会降临地面。
双打对战
在红蓝宝石版中，进行双打对战的训练家是并排站立的。在绿宝石版的冒险过程中，在不同位置站立的两个训练家如果同时发现主角，同样会开始双打对战。其中不乏躲在暗处的训练家。
双打对战判定机制变更
在绿宝石中，当宝可梦自草丛中出现和飞出宝可梦球的时候，会有表情丰富的动作。有强有力的呐喊，有心情舒畅的振翅。每个宝可梦的动作都不同。
神奇领航
在红蓝宝石版就有登场的宝可梦领航员可以查看地图，确认宝可梦的状态等。在绿宝石中，宝可梦领航员加入了呼叫功能。在领航员上登录的人物可以进行远距离呼叫。
会话功能
呼叫功能可以用于联络、再战。领航员还记有训练员的近况、和冒险的提示。
《宝可梦绿宝石》的故事设定在与前作的关都地区和城都地区有一定距离的丰缘地区。丰缘地区的设计基于日本的九州岛和九州地方；然而丰缘相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。像九州一样，丰缘地区拥有许多小岛，地区的一部分被海路充斥，玩家在其中的一部分海路中可以潜水。増田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地方是个有“丰富缘分”的场所，表示人与宝可梦关系的主题。
游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者宝可梦。主角的朋友兼劲敌也是一位宝可梦训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换宝可梦来完成宝可梦图鉴。
在旅途中他们遭遇了熔岩队和海洋队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代宝可梦后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的宝可梦烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地区四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问对战开拓区。
