拳皇96绿色版是一款延续街机格斗玩法打造的动作游戏。本作在系统设定上摒弃了前作成熟的系统设定，侧身回避这一设定修改为紧急回避，侧身回避只供指定人物使用，且无敌时间变短，同时追加了更加华丽的MAX超必杀。
“KOF'96”大会，不再是像以前一样神秘的大会，而是由数家巨大的企业公司作为第三方赞助举行的全世界级规模的正式大会。
在世界各地召开预选大会，选拔出来的9组强豪的队伍，当然，他们理所当然的都是曾经的KOF常客，他们正期待着官方比赛。但是，其中也存在着无法掩饰让人惊讶的成员存在，吉斯·霍华德、沃尔夫冈·克劳萨、比格先生，以及带着神秘女性出场的八神庵。
随着比赛进行，神乐千鹤突然出现在草薙京等人的面前，她是大会的主办方之一，是大蛇封印的守护者。由于大蛇的封印即将被突破，而曾经尝试使用大蛇之力的卢卡尔被草薙京等人击败，其为了见识他们的实力而举办了本次大赛。
突然一股飓风袭来摧毁了比赛场地，高尼茨出现。他就是夺走卢卡尔右眼并在卢卡尔体中留下大蛇之力，破坏大蛇封印，同时杀死神乐姐姐神乐万龟的罪魁祸首。在经历一番苦战后，高尼茨被击败，在一阵风中消失了。
游戏一共登场29名角色，以3人一组的方式形成9个队伍。分别是：主人公队、饿狼传说队、龙虎之拳队、新·怒队、超能力战士队、新·女性格斗家队、金队、八神队、BOSS队。除了以上的参赛队伍，另外还存在神乐千鹤与高尼茨，通过输入隐藏指令可进行相应的选择。
拳皇96为了使系统更具游戏性，追加了紧急回避动作以及小·中跳跃，舍弃了以往的侧身回避、前跳，而这些改变一直沿用至今。还有发超必杀技时身体会乍现蓝光，也是让人眼前一亮的设定。随着系统的大幅度变更，游戏节奏上升带来的快感无与伦比。不过POWER的积蓄方式还是与以往一样，人物攻击力过强，游戏中的指令投过于变态，无失败动作并且抓取范围巨大，大门和克拉克这两个顶级角色就是很好的例子，八神在96当中甚至不需要鬼步，仅仅向前走去便可使用无限屑风，并且游戏当中有一些BUG。
