合金弹头3完整存档版是SNK制作的横版动作射击类游戏，于2000年5月25日发行，是《合金弹头》系列的第四部作品。故事剧情结承《合金弹头2》，在打败妄图建立新世界的摩登将军势力后，世界开始走向了和平。然而随着各种怪事的发生，摩登势力的卷土重来，一场新的战争即将爆发。
莫丁将军妄图建立世界新秩序的反叛业已成为历史，和平与秩序开始重归世界。虽然东山再起的莫丁势力开始策划新一场政变，但已洞察迹象的政府军也已准备好了新一次的对反叛者的打击。
在镇压莫丁反叛中立下汗马功劳的“游隼”队员马可和塔尔玛在退役申合金弹头请被驳回后被继续任命带领队伍作战。因为莫丁虽然已被他的追随者们认为失踪，但这些追随者们依然潜藏在世界各个角落，而马可和塔尔玛的能力和经验是对付他们的有效利器，通过对反叛军的战斗，二人发现了莫丁和这个新的征服世界的邪恶计划的千丝万缕的联系。另一方面，隶属政府情报机关的“麻雀”部队在游隼对莫丁的追击的同时也遭遇一系列奇怪事件：神秘消失的家畜、政府官员的失踪，还有反常的巨大生物。诸多事件表明了一个可怕的事实：莫丁并不是唯一值得提防的对象。最后发现：曾在前一次莫丁叛乱中出现的外星人回来了！在共同的敌人面前，政府军和莫丁反乱军组成了反抗外星人的联盟。
Slug Mariner：装备火神炮和鱼雷的小型潜艇，但火神炮的子弹会因为水的阻力呈抛物线状弹道。
Elephant Slug：装备火神炮的大象，无装甲，不能跳，若得到“电池”或“火辣椒”的强化，副武器将变成从鼻子里射出的电流或火焰。
Ostrich Slug：装备火神炮的鸵鸟，类似以前的骆驼但有更强的跳跃力，缺点是左右转身时有一段不能攻击的硬直时间，此时若遭到攻击会死亡。
Drill Slug：钻地坦克，这个载具不能跳跃，但拥有驾驶舱抬升的能力。主武器为火神炮而副武器为范围较短但威力巨大的钻头。
Slug Copter：直升机，继2代的飞机之后又一种空中单位。主武器为类似骆驼的更大威力的机关炮，可以360°射击；副武器为向前下方投掷的炸弹。
Astro Slug：反叛军研制的小型单人宇宙战斗艇，初始武器只有导弹和射速低威力弱的小炮，但可以把得到的强化武器装在两侧使用（并不与搭乘者当前使用的强化武器共享），后期也可以得到火神炮作为强化，得到强化武器后若遭到攻击，将会像前代的SlugNoid般先后失去两侧的武器。
Level Armor：革命兵器1，叛军研制的小型单兵动力装甲，可以近身攻击，背后的火箭背包令其有二段跳跃的能力。两臂分别为机枪和加农炮（仅在最后一关有的载具，且仅有F弹），和Astro Slug一样使用角色强化武器，初始附带10发炮弹和200发重机枪H的子弹，也可以使用R、S、F、L等强化武器，但游戏中若无法得到弹药补给，主武器 子弹耗光后会无法使用。
Slugnoid Type-R：就像X中出现的Metal Slug Type-R一样的Slugnoid的反向版，副武器变成发胖状态下的铁蜥蜴（即I弹，Iron Lizard），将会朝画面左边射击。
《合金弹头3》的游戏画面保持系列中的像素风格画面，卡通化的造型让角色、敌人甚至坦克看上去都十分萌化。
游戏共有五大关卡，在场景中存在着各类场景道具及隐藏要素，例如在第一关的海岸中存在可以增加分数的鱼、最终关卡隐藏的人质等等。在该作中，首次出现了分支路线的设定：除了最后一关，前四关均可以有多种不同路线可供选择，每条路线的场景和敌人均不同。
