格斗之王99-千年之战手机版的主人公由草雉京换成了K，故事情节也完全重新展开。今年举办了KOF大会，并向世界各地的格斗家送去请贴，但是与往届不同，这次的反响并非强烈，并且大会试用了新的规则……
“对战形式仍为3对3，但大会采用STRIKER MATCH形式。”这是举办方的要求，也就是再加入一名参赛者。从没听说过STRIKER MATCH的格斗家为弄清真象向举办地出发了。
实际上这次大会是由神秘组的首领KRIZALID举办的。他通过举办KOF大会，收集各地格斗家的数据，并克隆人为已驱使，并妄图使世界陷入恐怖危机之中。
结果他自己却也是个克隆人，是K的数据的产物，被击败的KRIZALID得知此惊愕的事实后在失意中死去，但究竟这个神秘组织的目的是什么呢，2000中会有新的答案。
最值得注意的是追加的要素STRICKER系统的导入。
在“KOF 99”下选择四人组队，一个人作为后备的系统。在战斗中通过消费画面下方的STRIK BOMB呼出后备人物负责援护攻击。另外，在呼出后一定时间内主角的下半身处于无敌状态(无敌范围根据主角不同而有差异)。
呼出攻击时，敌人的攻击无效。对使用一方来说是十分有利的战法，而且援护攻击威力较大。另外，本作沿用ADVANCED MODE系统，但没有能量积攒设定。在能量格三格全满时，有通过设定键全部消费的可能，在一定时间内可随意使用超必杀技，熟练使用对战斗十分有利。
KOF99的故事进入了NESTS篇，主人翁由一直以来的京换成了K’。
“召开KOF”——世界各地的格斗家们又收到了邀请函。格斗之王大会将再一次召开！但是这次的气氛似乎有些不同。在招待者的背后，似乎完全没有那种世界大会般规模的支持者。在斗家们觉得不可思议的时候，对战形式又出现了新规定。格
“对战形式仍为3对3，但大会采用援护战斗的形式。”
“援护战斗！”，听到这个陌生名词的格斗家们掩饰不住脸上的困惑。感觉到有些火药味的哈迪伦示意拉尔夫等人参加战斗，查明大会开展的真相。
其中，二阶堂红丸也作为特别队的一员收到了邀请，预备出席KOF。队友的名字是K’以及马克西玛（MAXIMA）。但是在以前的格斗界中，红丸对这两个名字闻所未闻。满怀心事的红丸以及格斗家们分别动身前往指定地点，他们心中充满疑惑——援护模式是什么？这次举办的大会又有什么内幕？满是谜团的KOF即将再掀风雨！
在KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士出现，它们的背后，是阴森庞大的神秘组织——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京。
京和庵的足迹已成传说。真正的京，到底在哪里？庵呢？那OROCHI空间毁天灭地的一战，到底换来了怎样一个结局？
KOF99是SNK拳皇新的篇章。更新了KOF98的系统，增加了援护、CONTER模式等新要素。由于98已经将原来的路走到了极致，为了再上台阶，SNK大胆改变基本操作系统，将原来的侧身闪避和紧急回避结合成闪避移动，并且在闪避过程中可以出招，进一步加大了系统的攻击性。此外爆发方式改成了攻击模式(COUNTER MODE)和装甲模式(ARMOR MODE)，视实际情况可以自行选择，要消耗全部三颗能量豆。护援系统的出现，使战斗变得更加扑朔迷离。适当运用护援，防守更如铁壁，进攻更似尖刀，将原本与自己实力相当的对手一挑三也不在话下。
