《拳皇97风云再起加强第二版》此版本是在“拳皇97”原版的基础上改编而来，其中解锁了几名超级角色，包括八神、草雉京、大蛇、BOSS等等，同时加入了几个隐藏必杀，喜欢的玩家千万别错过。
大蛇处加上问号可以随机选人，过关可以再选
锁定游戏八级难度，特效改成绿光
更换选人背景、胜利后回复全血量
麻宫雅典娜必杀时幻城了夏季泳装
头像替换为拳皇98的人物头像
增加了闪光特效、普通为蓝色闪光、超必杀为红色闪光
全人物的出招形态有所改变
《拳皇97》是“大蛇篇”三部曲中的最后一章，讲述了各路决斗家组成队伍参加拳皇大赛，卷入八杰集复活大蛇的阴谋，并最终为这场因缘之战画上休止符。
