邪恶的黑暗女王被忍者蛙打败之后，逃到宇宙，忍者蛙和他们的导师有了他们自己的生活。但有一天，地球的军队被瓦解了，一个巨大的飞船出现在月亮上。显然，黑暗女王出现了，并且计划称霸星系，她影子武士（从双龙系列）结盟，以加强她的力量。考虑到战斗的可能性，忍者蛙和比利、吉米李取得联系，请求他们的帮助，他们的兄弟同意了，五个人立即采取行动组织战争的发生。
一种是战斗中自动加气，一种是手动ABC后蓄气，自动加气后集满一个气会有一颗珠子，绿色气珠，当你超必杀按键正确，发动了超必杀以后，会出现特效，屏幕变暗，角色身上发出圆形闪光，消耗一颗气珠，气珠消耗完毕后不能使用超必杀！
另一种手动蓄力的，蓄满气候，气槽会慢慢减少，在气槽消失前发动超必杀，气槽会消失当任务血条闪烁之后，发动超必杀会变为MAX超必杀，杀伤力倍增！
