1、除了国王所居住的地方外，其他领土都有部下来掌管。
2、利用后宫产生子嗣来挑选优秀的人才培养成为辅佐国家的武将，因此游戏中的儿子和女儿是掌管大国的关键。
3、跨越欧、亚、非大陆的世界地图。
4、包含了两张小型区域地图，玩家需要一路打到底来占领其他国土，当突破每个区域统一整个地图的时候才可以进行下一关的挑战。
5、可能遇到天灾或者叛变等，玩家一定要特别注意，不然叛变成功将会增加一方敌人。
元朝秘史中每位武将拥有政治力、战斗力、指挥力、魅力和体力五样数据。
政治力：影响武将作为领主时施政所消耗的体力。
体力：为0时，该季就不能继续行动了，A为最高。
战斗力：影响训练的效果以及武将亲自带队时部队的战力。
指挥力：影响武将作为战争统帅时一回合能行动的次数，A为3次，B为2次。
魅力：影响非亲族武将作为领主时背叛的概率。
元朝秘史的系统非常的特别，特别到很多人进入到游戏不知道如何起手。因为本作与信长野望、三国志…等传统的SLG玩法不一样。起先呢本作导入了文化圈设定与气侯影响生产力的玩法，武将也没有所谓的官职，只有分王族、亲族、同宗、外族。也没有军师，取而代之的是一个新职位叫内政顾问。而本作的一大特色之一就是领土除了国王所在地外，所有的领土都是由部下来代管的。也就是说全是靠AI来玩，而因忠诚度是看不到的，太守只要不是王族或亲族就有反判自立一国的可能。因此本作的儿子与女儿特别的重要，是掌管大国的关键。太守只要不是王族或亲族就有反判自立一国的可能。因此本作的儿子与女儿特别的重要，是掌管大国的关键。
