在燃烧军团对灰谷展开入侵期间，伊利丹吸收了一个被称为“古尔丹之颅”的强大术士神器的能量，变化成了一个拥有恶魔外表和强大力量的生物，还获得了古尔丹的一部分记忆，特别是关于萨格拉斯之墓。
之后他碰上了基尔加丹，这个恶魔觉察到自己的杰作巫妖王变得过于强大而难以控制，命令伊利丹去终结耐奥祖，并永远消灭亡灵天灾的力量。作为交易的条件，伊利丹将会得到巨大的力量并在燃烧军团的领导者中占有一席之地。
伊利丹同意了这个计划，并立刻开始准备摧毁囚禁着巫妖王灵魂的冰封王座。他需要一件强大的神器，于是将那迦从黑暗的深海巢穴中召唤出来，寻找传说中萨格拉斯之墓所在的破碎岛屿。
同时，典狱官玛维·影歌也开始了对他的追捕，但是没有成功。伊利丹成功窃取了萨格拉斯之眼，来到达拉然。利用城市里的能量装置的强作用化，他施展的一个毁灭性的法术粉碎了巫妖王的防御力量并割裂了世界之脊，但是在最后的时刻被赶来支援玛维的玛法里奥和女祭司泰兰德所阻止。为了逃避基尔加丹对自己失败的惩罚，伊利丹逃向外域，决定在这里避避风头并计划他的下一步行动。
在成功地阻止了伊利丹之后，玛法里奥和泰兰德回到灰谷的家园去照顾他们的人民。然而玛维并不打算善罢甘休，她尾随伊利丹来到外域，下决心要把他带回去接受审判。
洛丹伦和奎尔萨拉斯彻底变成了充满剧毒的瘟疫之地。那里只有一些小规模的联盟抵抗力量仍在苟延残喘。其中的一个组织主要由高等精灵组成，领导者是逐日者王朝的最后一个成员凯尔萨斯王子。。高等精灵对家园的沦陷非常悲痛，为了向死去的同胞表示敬意，他们改称自己为血精灵。他们因为离开了太阳之井这个力量的源泉而备受煎熬。为了缓解手下们与生俱来的对于魔法的饥渴，凯尔接受了他们的高等精灵祖先伸出的援手，加入了伊利丹和他的那迦部队。此举使血精灵被残余的联盟领袖谴责为叛徒并永远驱逐。
走投无路之下，凯尔和他的血精灵们只得跟随伊利丹来到外域帮助他对付典狱官玛维。玛维本已将伊利丹抓获，却被血精灵和那迦联手击败，伊利丹也被重新解放。
因为自己的防御上出现了缺口，巫妖王耐奥祖的力量因而一天天地丧失，急于自保，他将强大的手下死亡骑士阿尔萨斯召唤到身边。
因为阿尔萨斯的力量随着巫妖王的虚弱而渐渐流失，女妖希尔瓦娜斯·风行者领导着半数的亡灵军团发动了一场试图颠覆阿尔萨斯统治的政变，最终她和她的亡灵叛军(被遗忘者)将洛丹伦都城的废墟占为己有。
力量遭到削弱的阿尔萨斯仍决定去援救他的主人。他到达诺森德后却发现伊利丹的血精灵和那迦已经先他一步到了那里。于是，阿尔萨斯和他的天灾军团只得与伊利丹的部队争夺时间。在巫妖王将自己所有的力量给予阿尔萨斯的情况下，阿尔萨斯最终以战胜了伊利丹率先抵达了冰封王座。他用霜之哀伤击碎了囚禁巫妖王的冰牢，将拥有耐奥祖力量的头盔戴到了自己的头上，成为了新的巫妖王。伊利丹和他的军队被迫耻辱地逃回外域。
单人战役
游戏的新增战役有两个分支，即暗夜精灵哨兵系列与杜隆塔尔的独立系列。其中哨兵战役需要通过逐步解锁 。除了剧情战役，游戏还允许玩家进行自定义战役，一些官方或者爱好者发行的战役及RPG地图通常通过这一模式进行。
多人游戏
除了战役模式，游戏提供了联机对战和战网模式。其中联机对战与前代作品类似，可以做多容纳12名玩家分组对战。游戏提供了录像功能，看录像的方法是选择单人游戏，然后再选择观看录像。
v1.26+老版本切换工具
特别说明：
2.7G超大地图包包含角色休闲地图(如巨魔与精灵、星河战队、新兔羊之战等)、对抗地图(如BOOM海战、火影乱斗、宠物小精灵特别篇等)、TD塔防地图(如人族无敌3、三国雪、小偷科技时代等)、防守类地图(如守卫剑阁、神之墓地、伏魔战记、仙之侠道、五虎将后传等)，地图种类齐全数量充足，能较好得满足日常需要。
调整与改进
一、推出了支持Mac10.10以及10.11的全新安装包。
二、改善了Windows7，8.1以及10的兼容性。
三、添加了对中国魔兽争霸官方对战平台的支持。
四、修复了一个由闪电链导致的游戏崩溃问题。
已知问题
一、Windows8.1以及10系统的问题将通过后续补丁修复：
1.游戏存档仍会储存在需要系统管理员权限才能打开的路径下。
2.图像问题，譬如播放动画时屏幕底部会出现不正常黑边。
3.窗口模式下伽马值的调整不会生效。
二、游戏仍不支持斯拉夫字母的显示。
三、因为在处理一个MIDI相关的问题，所以环境音效暂时不可用。
四、Mac系统无法使用地图编辑器。
与此同时魔兽争霸官方对战平台也迎来部分更新。
推荐配置
操作系统Windows 98 or betterWindows 98 or better
CPUPentiumII 400MHz or better2.4GHz or better
内存128MB RAM1GB RAM
显卡8MB VRAM128MB VRAM
存储空间需要1GB可用空间需要2GB可用空间
