本次发表的《真女神转生4 Final(Shin Megami Tensei IV - Final)》将沿袭2013年发售的《真女神转生4》的世界观，以多线路剧情发展和多结局模式讲述新的故事的全新续作。
本作的时间乃是203X年，日本过去的首都东京为了避免25年前突然爆发的“诸神之战”卷入，在上空用厚厚的岩层将城市与外界完全隔绝。诸神之战结束之后，东京虽然避免了毁灭，但因为内部完全没有收到太阳照射，在人们之间展开了一场争夺资源的厮杀。而站在食物链顶端的“天使”与“恶魔”则支配、蹂躏着剩下的幸存者们。被完全封锁无处可逃的东京在如今也变成了一个“魔都”。
主角英雄：在东方御门国生活的18岁少年。同时也是武士众的一员，挑战驱逐恶魔一事。如今则是以侍众一员的身分展开恶魔击煺的任务。生于本都，并将希伯来圣经翻译成希腊语，同时也是在罗马传布基督教的第一人。主角的真名アキラ源自2世纪进行犹太教改教的犹太人。
约纳坦(CV神谷浩史)：举止优雅，有涵养的18岁青年，在伙伴中起到调节作用。平将门在以身为地覆盖住东京后，アキラ为了遵守约定解决东京的两股无法统一的意念的争斗，把善与恶2个大魂带到了地表，转生后善之大魂被赋予了人的形体，其名ヨナタン. 该名来源于旧约圣经中萨罗王(サウル)儿子，因为帮助被父亲迫害的好友大卫(ダビデ)而享有盛名。
沃尔塔(CV小西克幸)：看起来流里流气的18岁青年，刀子嘴豆腐心。平将门在以身为地覆盖住东京后，アキラ为了遵守约定解决东京的两股无法统一的意念的争斗，把善与恶2个大魂带到了地表，转生后恶之大魂被赋予了人的形体，其名ワルター. 该名来源于德国的"共产主义政治家"Walter·Ernst·Paul·Ulbricht。
伊扎布(CV泽城美幸)：武士众中一点红，18岁的少女，虽然姿态凛然，但冷冰冰的外表中包含着有著令人意外的不同的一面。该名来源于法国王后Isabeau，所以游戏中对于同样以法国18世纪末为背景描绘的漫画ベルサイユのばら(凡尔赛玫瑰)十分热衷。
纳瓦鲁(CV大畑伸太郎)：傲娇的18岁青年，上进心很强，最讨厌输。出身于ラグジュアリーズ，注重地位和服装，但是性格外强中干，时运不佳的遇到各种麻烦，还被天使洗脑，通缉，在主角的护送下前往新宿的Florida咖啡馆避难，随后被藤原推荐去其渋谷的好友处从事服装买卖. 名字源自服装品牌ナバル(NAVAL)，其在渋谷有专卖店（注：和3G无关）。
教学关：击破2只恶魔。
之后于喷水池前集合，此时触发剧情，堕天使亚得米勒出现，很轻易地杀死了ニッカリ大叔等2名NPC，主角也被强制剧情杀。
在黄泉比良坂尽头，主角与恶魔ダグサ签订契约，成为觉醒人，重返生界。
强制战斗：亚得米勒率领的堕天使群 冰弱
借助仲魔半人马之力，主角击退了亚得米勒。安慰了青梅竹马的アサヒ之后，返回酒馆与首领对话。
离开酒馆后，主角自觉能力不足，任务【仲魔を集めよう】发生，前往南口繁华街，将仲魔数量提升至3体(包括半人马和DDS仲魔)后，任务【救助要請】发生。经过锦系公园，前往“天使警戒区域”スカイ。
敌方配置：
LV10 天使
LV71 大天使 汉尼尔 风弱
第3回合，真女神转生4的男女主、フリン与イザボー参战,胜利后返回酒馆，【救助要請】完成。之后与首领对话，【仲魔を集めよう】完成。
走出酒馆后，幽灵ナバール出现并成为应援角色，主线任务【けんかをとめてkださい】发生，经过锦系公园，出现在大地图，向西行进前往上野。
经过中央通路，在地下街入口，可遇见依赖人ノゾミ，于是在上野地下街的传送点集合，传送至代代木，到达妖精之森，之后暂时ノゾミ加入。
经过清正小道时，遇见奥伯龙与蒂塔尼娅正在斗嘴，劝和后获得翡翠灵刀，ナバール可使用灵刀清除特定障碍物。
在清正小道深处的洞窑，触发BOSS战。敌方配置：LV17 魔王 雪人王 火弱
击破后得知雪人是受了控制，此时多神联合正蠢蠢欲动。
任务完成后，众人返回妖精之森入口，ノゾミ与众人告别后离队。
返回锦系街酒馆，与首领对话后，出门遇见一位老者，说是有任务交给主角，相约在锦系街地下2层见面。
主角如约前往，原来老人竟是奥丁。任务【アークを解放せよ】发生。
传送至上野，进入神田之社，由右侧小洞进入探索，在B2F洞穴发生战斗。
敌方配置：
LV17 天使 大天使 冰弱
LV18 天使 权天使 枪弱
战斗后左之光球入手，返回神田之社入口，打开左之光门，之后在B3F，穿过毒沼，于洞穴触发战斗。
敌方配置：
LV19 堕天使 奥赛
战斗后右之光球入手，返回神田之社入口，打开右之光门，之后在B2F中部获得纹章。
此后返回神田之社入口，打开中间的光门，下落至B3F,进入石室。在封印之前触发BOSS战。
敌方配置：
BOSS LV22 国津神 少彦名神 电弱
击破后解除封印，魔神克里希纳获得解放，这时主角意识到捅了大篓子了。
任务完成后返回大地图，向西南方向移动，到达银座。
经过银座西侧，到达四丁目交差口，正向フリン别报告状况时，奥丁等多神联合军出现，与众人触发战斗。面对救世主フリン的强大战力，弥勒趁众人不备挟持アサヒ，迫使フリン丢下武器，将フリン控制后带走，人们已不知未来将前往何方...
主线【補給物資運搬】发生，传送至上野，经过千代田通路，向西前往新宿。
在新宿的入口处，史蒂芬出现在众人面前。交谈之间，突然收到紧急通知，任务【大蛇撃退1】发生。
由电梯进入新宿地下街，然后从西北方出口前往都厅。
剧情杀击退大蛇之后，返回新宿酒馆，任务完成。
之后传送回锦系町酒馆，回宿舍休息。
