《马里奥与路易RPG2》的故事仍然发生在大家熟悉的蘑菇王国，只不过时间有所不同。不知为何，马里奥与路易发现他们被传送到过去，并遇到了少年时代的马里奥与路易，4人同心协力(这也是日版取名2*2的原因)从神秘的异国力量的威胁下在一次拯救了蘑菇王国。
在游戏中现在的马里奥、路易与小马里奥、小路易4人将同时登场，并利用NDS的双屏，上屏幕显示小马里奥和小路易，而下屏幕显示马里奥与路易。游戏的整个过程中都要通过双方的巧妙配合才可以解开一个个谜题。而新角色大恐龙“盖西”(难道是耀西朋友?)，总是处于饥饿状态，身形巨大的它一口就能将耀西吞进肚子里。
载入游戏后按
数字F4为投币F1为1P开始F2为2P开始
键盘上的四个方向键为四个方向A、S为操作键
如果您想自定义键盘可以在菜单的游戏（ALT+G）=>重新定义按键=>中定义自已喜欢的操作方式
如果要退出模拟器请先按一下回车先把游戏暂停了然后才可以关闭游戏
1) 运行mamep.exe开始游戏。
2) 运行游戏后会出现提示版权信息窗口，重复键盘上的字母键“O”键和“K”键，最后按回车便可进入游戏画面。
3) 如有需要，可以在游戏画面中按键盘上的“TAB”键，可以进行按键设置、游戏作弊、参数调整或者其他设置。
在前作中马里奥直接使用大锤进行攻击，而本作中由于身背小马里奥，所以就由小马里奥手持大锤，马里奥攻击时将小马里奥联同大锤一起对敌人进行攻击，这使攻击的威力比前作有所增强。同样由于身背小马里奥使得重量增加，所以本作《马里奥与路易RPG2》中跳跃攻击的威力也比前作大的多。另外，在放下小马里奥后，马里奥可以对敌人进行连续的跳跃攻击。
