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舞台设定在阿尔米亚地区，剧情围绕口袋妖怪训练师训练口袋妖怪展开。训练师作为口袋妖怪的守卫者，他们可以捕获各种口袋妖怪并进行训练，和口袋妖怪心灵相通，并借助口袋妖怪的力量，维护世界和平。玩家的口袋妖怪在完成任务以后，就可以放生了。
玩家会在开始时选择性别，然后决定名字，默认的名字分别是创一和一美。
反派组织是暗暗队。暗暗队通过遥控装置控制口袋妖怪的行动。
玩家可以乘坐在口袋妖怪上横渡河流、海沟或者冰山。
可以通过守护者网络下载特别任务，可以借此获得玛纳霏的蛋（现在已经无法下载）。
