在前次大战发生的2年之后，失踪的莫丁将军带着新的部队卷土重来。在前次大战中拯救世界的“游隼”部队成员马可·罗斯少校（前作为中尉）和塔尔玛· 洛文上尉（前作为少尉）为此再度出击。而这次，他们拥有了两名新伙伴：来自“游隼”的支援部队“麻雀”的女性士官笠本英里中士和菲欧·杰尔米上士。而在战斗过程中，暗藏在莫丁背后的一个更大的敌人也渐渐浮出水面……
最终BOSS为一覆盖满屏上方的大型UFO，此时背景上还能看到地球人的战斗机和外星人的小UFO进行空战。这个场景相信是对美国电影《独立日》的戏仿。第四关BOSS为一巨型陆上战舰，相同概念的兵器在机动战士V高达中出现过。而其外形也与宇宙战舰大和号颇为相像。在英文版中再次出现了“SNKglish”：玩法介绍画面中的“advisory”被错拼成了“advisoly”。此外，本游戏的武器系统可理解为魂斗罗的后传。
新角色与角色选择
游戏新增了两位新角色，玩家可以在游戏开始前自由选择使用的人物而不是像前作般1P和2P分别固定使用马可和塔尔玛。
除两位女性角色的跳跃能力比男主角略高，滞空时间稍久外，四名主人公在实际游戏过程中并没有多少能力差异。
变异
在第二关角色被木乃伊喷出的毒烟攻击时自己也会变成木乃伊，此时人物行动会变得迟缓并只能使用手武器和手榴弹，并且投掷手榴弹的时间也会变长。在木乃伊状态下得到强化武器都会变成加1000分的宝物。特殊道具“圣水”可以解除此状态。
在第四关会出现很多食物（加分宝物），大量获得后角色会变成胖子。此时人物的行动会变慢但攻击将得到强化，而武器也会变得非常搞笑。如近身攻击由匕首变为叉子和皮鞭；手榴弹外形变成喜剧化的黑色球形炸弹；同时主武器的子弹也会变大。特殊道具“减肥药”可解除此状态。
新武器
L-Laser：激光武器，新增的武器械，发射伤害力较大的光束，加分非常快，是捞分的好武器。初始弹药200发。
燃烧瓶：新增的副武器，掷出后落地即爆炸，产生大面积的火焰攻击。
穿甲弹：载具的副武器，弹道呈直线，对敌方装甲单位产生更大的伤害。
