游戏画面除了因GB屏幕所限为黑白之外，其他方面表现都与FC版不相上下。
游戏可以自由选择前4关，打通4关后才能进入最后一关。
故事发生在《超级魂斗罗》和《魂斗罗精神》之间。公元2635年，地球联邦军获悉某大国正在南太平洋的某孤岛上利用异形细胞研制强力武器。地球联邦军为此向魂斗罗小队的比尔·雷泽上等兵下达极密指令——只身一人潜入小岛上的敌人基地摧毁其研究设施和所有异形。
※全五关，第1~4关可选择
1.军用港口
Boss：导弹潜水舰
2.基地
Boss：大型装甲车
3.丛林地带
Boss：反重力武装车
4.异变生物实验区
Boss：旧型生物实验室设备
5.异变细胞研究重地
Boss：护卫用2足步行型兵器
