《风色幻想5》在游戏的战斗系统部份做了大改革。为了提升游戏的战略性，原本行之有年的回合制战斗系统将被「行动顺序制战斗系统（Action Order Battle，简称AOB）」取代。
所谓的“行动顺序制战斗系统”，就是战场所有的敌我角色将依据特定的能力数值来决定行动先后顺序，每当人员开始行动后，要直到将RAP耗尽或者选择待机指令，才会轮到下一个人行动。而原先存在敌我方回合，将被整合为一个行动回合，当战场的敌我角色平均都行动过1次，画面右上角的时间计量表会加1，表示行动回合向前推进1回合。
随着战斗系统的变革，决定玩家行动依据的RAP系统也跟着有所变动。在以往的系列中，当玩家选择移动、攻击或者某些特技和魔法等战斗指令，都会消费固定的RAP点数，然而这些消耗的RAP点数都是游戏已经设定好的固定数值，玩家只能靠着提升角色的RAP最大值来获得更多行动机会。
这一次《风色幻想5》则导入「RAP消费规则」，行动依据的RAP单位将採百分比制规则，战场上所有的敌我角色RAP量表上限皆为100％，玩家要在规定的百分比内所进行移动、攻击、刻纹技能、道具等指令动作时，所消费的百分比数值皆不尽相同。
而玩家将可以藉由变更角色身上的「称号」来改变角色所做的各项行动所需消费的RAP百分比。在结合「行动顺序制」、「RAP消费规则」的全新战斗系统下，整体游戏的策略将大幅提升不少，玩家对於游戏中的战略规则排定也多了更多的思考与选择。
大陆历675年，南北的紧张关系持续升高，史上有名的弥赛亚战争终于爆发。
南与北的战争带来了无以计数的牺牲，不同的观念交集互斥所带来的，竟是无尽期的悲伤哭嚎，这无意义的战争持续了数年，直到闻名历史的弥赛亚十三骑士之役发生后，双方才终于肯让步妥协。
和平，似乎短暂的来临了，不过南与北在经历过战事之后，隔阁自然也加深了。
而弹丸之地弥赛亚至今虽依然扮演着双方的润滑，但和平亦非天真的永久持续。第二次弥赛亚战争、深月联邦内战、这些名留历史的战役在这之后的数百年间仍然从未歇息，当然南与北的观念差距、理想差异、自然也逐渐随着岁月的流逝累积到了即将再次爆发的边缘。
大陆历897年，因南北长年隔阖而间接兴盛活跃、纵横世界各地的冒险猎人行业中，一个名唤艾因的少年在长年与他随伴左右的黑发女仆煽动下，加入了位于乐园之都——弥赛亚的冒险公会，并成立了一个以利奇曼为名的小型冒险旅团，当然，这时候还没人晓得，这个穷到连抓猫任务都必需接下的小小旅团，会是决定那世界最终命运的关键。
自由发展的必杀技系统
《风色幻想5》在角色能力成长部分，与前作相同一样可以由玩家来左右角色的发展方向。每当角色等级一提升时，便能获得固定的升级点数，玩家可将这些点数配置在人物的基本6大能力上。
在技能发展方面，五代的技能分成「人物必杀技」和「刻纹技能」两大系统。「人物必杀技」是每名角色固有的专属技能，必杀技的动画风格可以从角色身上装备的武器来联想，至於学习新的必杀技，与角色本身的等级、能力没有关联，而是必须累积使用必杀技的熟练度，才能习得新的必杀技。
一开始角色都会拥有2个系统最初级的必杀技，当玩家在战斗中不断的使用这些必杀技时，熟练度等级就会慢慢的成长，相对地必杀技威力也会越来越强，提升到一定的程度之后，角色就会领悟到这个系统的下一招进阶技，因此玩家可以视自己的需要，选择同时修炼2个系统的必杀技，或是全力练满其中一个系统的必杀技。
刻纹系统重生
除了角色身上固有的必杀技，玩家还可以自由为角色配置「刻纹技能」。刻纹技能都是封印在名叫「刻纹」的特殊物品中，可以藉由购买或是完成支线任务获得。
《风色幻想5》的「刻纹系统」正是过去「徽章系统」的再现，製作小组参考以往的徽章系统，针对原先不合理的地方做些改变和修正，将具有实际效果的徽章功能保留，这就是「刻纹系统」的由来。
「刻纹」分成红色刻纹、蓝色刻纹和绿色刻纹3大类，红色刻纹封藏的技能多半为具有攻击性质的刻纹技能，例如6种属性的攻击魔法技能等；而蓝色刻纹，则是存在着回复魔法技能、或是提升攻击力、命中力等的支援魔法技能。
除了2两种可以使用魔法技能的刻纹外，还有一种没有封藏任何刻纹技能，但能提升、强化角色能力状态的绿色刻纹，装备这些刻纹，可以增加角色的属性，或是额外加乘战斗能力等的特殊效果。
玩家可以在角色身上配置这3种类型的刻纹，藉由刻纹的相互辅助，让单一角色拥有如灾炎等火焰攻击魔法、力量增福等支援魔法以及拥有飞行移动属性的特殊战斗能力效果，使战局增加更多乐趣与变化性。
