《奥特曼格斗进化3》是由BANPRESTO开发的一款格斗类游戏，在游戏中，与前四作相比，画面、格斗、特效、必杀技、都有了很大的进步。游戏里的剧情以及配乐都沿用原著。也是奥特曼格斗进化系列游戏中的第三部作品。
1．剧情模式（ウルトラモード/ ULTRA MODE）
初始关卡10关，达成一定条件后追加新的关卡和人物。每关与原作的情节大致相同，收录的都是各作中的经典战斗。
2． 战斗模式（バドルモード/ BATTLE MODE）
选择奥特曼或怪兽连续对战5个对手。前4个对手随机，最后一个为剧情对手。
3．对战模式（VSモード/ VS MODE）
分为对2P和对CPU。初始可选人物与战斗模式相同。
4．联手作战模式（タッグモード/ TAG MODE）
选择两名奥特曼同时与一个敌人进行战斗。需要两个玩家。
5．技能装备模式（カスタムモード/ CUSTOM MODE）
可对技能进行键位设定。每名角色选中后有4种必杀技装备方案。必杀技设在□△X○上，小光线、飞机和变身设定在附加键上（R1，L1，R2，L2）。如果同时装备多个必杀技，伤害等级（由高到低为SABCDE--）会降低。其中装备同种技能下滑幅度较低，装备不同技能则下滑幅度略大。有的必杀技能击中对手后增加对手一定得晕眩值，这一点也会随必杀装备数量的上升而变动。如果装备的必杀技种类多，放必杀的时候选择多（对手不易判断），需要的蓄力时间短；如果装备的种类少，必杀技命中后的伤害高，但蓄力时间长并且易被防住。
6．练习模式（プラクティスモード/ PRACTICE MODE）
选择自己喜欢的角色和场景进行对战（对CPU）练习。游戏中按下START键可对CPU的各种状态进行设定。分别是CPU的行动状态（站、蹲、跳、防、攻），眩晕槽状态（正常，全满），反击状态（开，关），回到主菜单和重新选择角色。
教学（チュートリアル /TUTORIAL）
佐菲教泰罗基本的战斗技巧。新手推荐先玩这个模式，泰罗的隐藏必杀技宇宙奇迹光线与这个模式有关。
欣赏模式（ビューモード / VIEW MODE）
我们可以对游戏中出现的角色（包括战队的飞机）、游戏音乐、场景等进行欣赏。
重放模式（リプレイモード/ REPLAY MODE）
将玩家在战斗模式中的表现进行重放，并对录象资料进行删除和拷贝。
设置（ァ∽ション/ OPTION）
进行游戏的基本参数设定。包括难度，时间，回合数，键位，振动，存档管理等等。可在此将记录方式设置为AUTO自动记录。想录音效的可以在SOUND里把BGM调成0就没有背景音乐了。
Playstation按键【↑】【↓】【←】【→】，【□方】【○圆】【△角】【×叉】（在手柄上的分布为□在左，△在上，○在右，在下），左肩键【L1】，左扳机键【L2】，右肩键【R1】，右扳机键【R2】。
电脑可在模拟器上自由设置按键。
具体操作请见下文的教学模式流程。
任务完成后会有评价（从D到S不等）。在任务之中会有些条件（任务完成之前隐藏），只要达成条件就能够提升评价，最高S级，即达成所有条件。部分任务会有单独成立的S级条件，不达成并不会影响其他的条件，但是达成这类条件将必定S级而无视其他条件，部分条件的达成将会牵扯到隐藏要素。
条件分两种：战斗条件和剧情条件。（详见S级流程部分）
