这个版本是基于拳皇2001的改版之一。《拳皇2003：卧虎藏龙》是由一家叫做Phenixsoft的软件商发布的拳皇改编系列格斗游戏。它并不是拳皇系列的正式版本，因为Phenixsoft并没有经过PLAYMORE的授权，并且游戏是根据拳皇2001改编而来的大乱斗版本。
卢卡尔死了，大蛇被封印了，nest也解体了。很多的谜团正在揭开。
然而，很多时候很多幕后的东西，大众是看不到的...........
拳皇2003有2个最终boss，一个是阿迪尔海德·伯恩斯坦（卢卡尔的儿子），另一个是无界（遥彼系列的人物）
打出他们的条件：
第4战面对KUSANAGI，如果用消耗能量的攻击（换人攻击也算的）打死他，那么最终boss就是无界；反之则是阿迪尔海德。
而游戏的结局乃至官方完整队伍结局则必须击败无界后才能看到；若最终boss是阿迪尔海德，那么打倒他后直接宣布“game over"
选择最终boss（PS2版限定）
阿迪尔海德：通关流程最终boss是艾迪尔海德·伯恩斯坦的话，通关后即可解锁艾迪尔海德·伯恩斯坦（在八神庵头像上按R1即可选出）。
无界：通关流程最终boss是无界的话，通关后即可解锁无界（在草薙京头像上按R1即可选出）。
神乐千鹤：在任意位置输入↑↖←↙↓↘→↗→↘↓↙+任一键
草薙：在任意位置输入↓↙←↖←↙↓↘→↗+任一键
注：最后一个方向键要拉住的时候选人
PS2版可直接选择KUSANAGI和神乐姐妹。
在人物设定方面，拳皇2003(KOF2003)在加入了新角色的同时，也恢复了大部分角色的老面孔，从这点来说是否意味着SNK真正的回归？在战斗模式上，拳皇2003（KOF2003）依然继承了三对三的组队模式，不过对战模式发生了变化，三名队员同时上场，玩家们可以看到画面中体现的是三排血槽，可是对战时间依然还是60秒（不过比起以前会慢很多），第一位队员被击败后，下一个队员会立即登场，直到击败对方三名队员，或者是时间结束。不过当能量槽出现CHANGE OK时可以变换出场队友，CD换上一名队友，BC换下一名队友，至此KOF系列通用的CD超重击被取消。换而代之的是消耗CHANGE OK和能量槽的超重击，可以破坏对手的防御，令对手产生硬直时间，并受到己方另一位队员的登场攻击。连续技方面也发生了变化，并增加了队长必杀技这一设定。
