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从KOF99起，格斗大会进入新的篇章"N.E.S.T.S"篇。一九九九年的世界格斗大会依然如期举行，这次大会是由神秘组织的首领库里扎里德举办，他通过大会收集各地格斗家的数据，并试图将其克隆，亡图控制整个世界，他误以为K'是自己的克隆人，可是他万万没有想到，自己才是K'的复制品，库里扎里德在被K'击败后，被N.E.S.T.S擦除了所有的记忆，最后孤独而惊惶的死去。
KOF的故事在97年打倒大蛇后似乎就已经结束了。K'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K'的身份无从参考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放弃前作成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间，恢复后才能重新集气。
防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻，防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
游戏名称： 拳皇99-千年之战
游戏英文名： The King of Fighters '99 - Millennium Battle
所属机种： MAME
出品公司： SNK
模拟器： MamePlus
游戏类型： 格斗类
游戏ROM：kof99.zip
游戏大小： 75.20M
发行时间： 1999年
The King of Fighters '99 - Millennium Battle (Korean release)拳皇99千年之战韩版mame0.182新街机模拟器支持克隆版格斗类kof99k.zip街机游戏
