口袋妖怪黄修改版又名口袋妖怪皮卡丘，是第一世代的最后一个版本，作为超梦的逆袭播放的纪念作品发售。黄版的游戏系统与红绿基本无异，但剧情根据动画的展开而进行了修改，初始精灵为皮卡丘。
初始精灵必定为皮卡丘，而小茂则必定会在一开始选择伊布，小茂的伊布会依游戏中与主角对战之记录进化为不同型态。
根据剧情的展开可以得到妙蛙种子、小火龙与杰尼龟。
道馆馆主使用的精灵参考了动画，且等级均有提升。
与火箭队战斗的部分场合的对手变为了武藏、小次郎与喵喵。
与动画中一样，作为初始精灵的皮卡丘不愿进入精灵球，而喜欢跟在主人公身后。在后续的游戏中，仅有《口袋妖怪心金魂银》拥有类似的系统。
与该皮卡丘对话时，游戏会通过爱心数来显示它对训练师的好感度。这是亲密度系统的雏形。
此外它还拒绝使用雷之石进化，并在战斗中有特殊的叫声。
携带会冲浪的皮卡丘时，在19号路的民宅可以玩“皮卡丘的沙滩”的小游戏。
