KOF99：千年之战（NESTS篇1）召开KOF”——世界各地的格斗家们又收到了邀请函。格斗之王大会将再一次召开！但是这次的气氛似乎有些不同。在招待者的背后，似乎完全没有那种世界大会般规模的支持者。在格斗家们觉得不可思议的时候，对战形式又出现了新规定。
对战形式仍为3对3，但大会采用援护战斗的形式。
援护战斗！，听到这个陌生名词的格斗家们掩饰不住脸上的困惑。感觉到有些火药味的哈迪伦示意拉尔夫等人参加战斗，查明大会开展的真相。
其中，二阶堂红丸也作为特别队的一员收到了邀请，预备出席KOF。队友的名字是K’以及马克西玛（MAXIMA）。但是在以前的格斗界中，红丸对这两个名字闻所未闻。满怀心事的红丸以及格斗家们分别动身前往指定地点，他们心中充满疑惑——援护模式是什么？这次举办的大会又有什么内幕？满是谜团的KOF即将再掀风雨！
在KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士出现，它们的背后，是阴森庞大的神秘组织——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京。京和庵的足迹已成传说。真正的京，到底在哪里？庵呢？那OROCHI空间毁天灭地的一战，到底换来了怎样一个结局？
KOF的故事在97年打倒大蛇后似乎就已经结束了。K'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K'的身份无从参考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放弃前作成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间，恢复后才能重新集气。
防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻，防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
5.1 草薙京和八神庵乱入
八神庵
·以完整队伍出战 ·当战胜五队后，评分必须超过200分，甚至280分以上。
·达成以上条件后，战胜最终BOSS。
·战胜最终BOSS后，游戏的评分在200分以上、280分以下时，隐藏人物 --- “八神庵”便会乱入向玩家发起挑战。
草薙京
·以完整队伍出战 ·当战胜五队后，评分必须超过200分，甚至280分以上。
·达成以上条件后，战胜最终BOSS。
·战胜最终BOSS后，游戏的评分在280分以上时，隐藏人物 --- “草薙京”便会乱入向玩家发起挑战。
5.2 隐藏结局
本作中存有3个隐藏结局，2个特别结局，分别如下：
1.选主人公队，打败boss之后出现的真草薙京就会出现和其他队打倒草薙京不一样的剧情
2.选饿狼传说队，用不知火舞KO最终boss，那么之后就会出现饿狼队的另一结局
3.选超能力战士队，用椎拳崇KO最终boss，那么之后超能力队的结局会有一些变化
4.队伍中有草薙京（不能有八神庵，而且不能随机选到），会出现草薙京特有结局
5.队伍中有八神庵（不能有草薙京，而且不能随机选到），会出现八神庵特有结局
5.3 选用京庵（MVS版专用秘籍）
选用草薙京
选人时必须有三个人物都选“？”（即随机选人，当然最好是四个都选“？”，这样机会会更大。），如三个随机角色中刚好同时出现K’、马克西马、二阶堂红丸、矢吹真吾、薇普、京-1、京-2这些人的其中任何三位的话，选择此三人出战并打败对手，在胜利后屏幕会显示调用京的指令。 · 在选人画面，将光标移动到“？”处，按住开始键不放，再按如下顺序移动方向：←→↑←↓→，太阳标志处出现京，现在就可以选他了。
选用八神庵
·选人时必须有三个人物都选“？”（即随机选人，当然最好是四个都选“？”，这样机会会更大。），如三个随机角色中刚好同时出现莉安娜、麻宫雅典娜、包、李香绯、金甲唤、全勋这些人的其中任何三位的话，选择此三人出战并打败对手，在胜利后屏幕会显示调用庵的指令。 在选人画面，将光标移动到“？”处，按住开始键不放，再按如下顺序移动方向：→←↑→↓←，月亮标志处出现八神庵，现在就可以选他了。
注：以上两人家用模式下可以直接选用
5.4 选用最终boss
PS版：游戏难度不限，选用任意角色将TEAM PLAY或SINGLE PLAY通关一次（可续关），通关后存档，接着进入VS模式或练习模式，在选人画面按住START键后输入BADC（即○、×、□、△），成功的话boss（仅限第二形态）会出现在问号（随机选人）下方
注：DC版可直接使用（也仅限第二形态）
5.5 DC版隐藏援护
DC版的Xtra援护分别是：塞斯（セス,Seth）、瓦妮莎（ヴァネッサ，Vanessa）（注意这两人的初次登场不是在2000，而是99EVO，这点更正下）、草薙京学生装、雅典娜学生装、神乐千鹤（神楽 ちづる）、山崎龙二（山崎 竜二，Ryuji Yamazaki）、比利卡恩（ビリー?カーン，Billy Kane）、大门五郎（大门 五郎，Goro Daimon）、阿尔弗雷德（アルフレッド，Alfred）、菲奥（フィオ，Fio）、天童凯（天童 凯，Gai Tendo）和雾岛翔（雾岛 翔，Syo Kirishima）
其中塞斯和瓦妮莎是一开始就能用，而且不区分善版和恶版
先买下草、小雅、千鹤、龙二、比利和大门的善版（通过Battle Ability购买，好像升Lv.1是800分），之后再买下阿尔弗雷德和菲奥的善版（升Lv.1好像是2000分），就可以买除阿和菲之外那六人的恶版，这六个恶版买下后就可以买阿和菲的恶版（注意买下后可以升级，最高Lv.3）
至于凯和翔则必须通过DC机与NeoGeo Pocket(Color)联动后才能使用，而且NGP(C)必须有The King Of Fighters Battle De Paradise的存档，也有善版和恶版，不过不能升级，PC版的可以直接使用，PS2版则是所有Xtra援护都能直接使用。
