《圣剑3》保留了前作的大炮与白龙，并增设了一只海龟，使玩者可以领略到海上遨游的感觉。主角也比前作的3名翻了一番，达到了6名，玩者可以任选3名游戏，（最多允许3人同时玩）由于所选的主角不同，游戏的开头和结尾都会有很大的不同。另外人物在到达18级与38级可以转职，最终职业共有24种之多。
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很久以前，世界一直处于“神兽的淫威下，灾难连绵不断，生灵倍受涂炭，马那女神的出现，给大地带来了希望，她借助“马那圣剑”的神秘力量，击败了作恶多端的“神兽”；并将其压在“马那石”之下，灾难解除了，大地重现了生机。
