在《马里奥vs大金刚2》中玩家将扮演身为玩具工厂主任的马里奥，设法将永远的死对头大金刚所偷走的“迷你马里奥”玩偶找回来。本游戏的类型为益智动作游戏，游戏中每个世界共分为四大关卡，一为在时间限制内找到过关的钥匙的“搜寻关卡”，二为取回被偷走的“迷你马里奥”的“救出关卡”，三为诱导迷你玛俐欧回到玩具箱的“迷你马里奥关卡”，最后则是与大金刚对决的“大金刚关卡”玩家必须靠马里奥的招牌跳跃、头顶、攀登等行动，以及利用输送带与铁锤等道具来突破重重关。
游戏的关卡以6个世界所构成，包括丛林、火山、工厂等40个以上的舞台，。当玩家全破之后还会继续出现难度更高的第二轮回以及更多关卡，非常具有挑战性.
玩家必须靠马里奥的招牌跳跃、头顶、攀登等行动，以及利用输送带与铁锤等道具来突破重重关卡。游戏的关卡以6个世界所构成，包括丛林、火山、工厂等40个以上的舞台，。当玩家全破之后还会继续出现难度更高的第二轮回以及更多关卡，非常具有挑战性。
《马里奥VS大金刚2》的 操作基本全程都是用触摸笔进行的，只有方向键和ABXY键可以用来查看周围 地形。用笔点击迷你发条马里奥可以 控制他停止或者开始移动，不过要注意停止了行动的MARIO如果被其他MARIO 撞到一下的话又会自动行动。而对着小MRIO相应的方向划动，可以让马里奥前进、后退等，在有些弹力机关处还要向上划动使其跳到机关上弹上，关于游戏的详细操作可以在选关画面时点右边的“ヘルプ”选项看操作演示动画，并且随着游戏的 流程操作演示动画也会慢慢增加！
游戏中每大关有9个小关和1个BOSS关以及一个 隐藏的迷你游戏关。每关都会有2个以上的 迷你MARIO，游戏的目的就是让所有MARIO都走出有“M”字的大门。在每一小关中都会有一个字母道具出现，如果将这些字母全都找齐的话会（依次都是MINIMARIO这九个字母）开启本大关的迷你游戏！（迷你游戏都是些“ 敲地鼠”类型游戏，只是每大关的 难度稍有不同而已）游戏每关过关后有着星星的评价，（分为 金、 银、 铜星3种）由分数评定，所以每关最好能让所有MARIO同时走出出口哦，因为这样会形成 连锁有分数加成的，尤其在有 黄金MARIO的关卡让他最后进门还可使分数翻倍，所以每关最好把所有MARIO都走到 出口处待机吧，等所有MARIO都过来后再一起进门！想要拿到金星评价就最好把本关的 金币、字母啊什么的全都吃掉，过关速度尽量加块，不要有任何一MARIO挂掉，这些星星的 评价可是关系到隐藏 要素的开启的！
键盘控制游戏的方法：
键盘 O + K --- 开始游戏
键盘 任意一个键 --- 继续游戏
键盘 5（6、7、8） --- 投币（注意 5对应1，6对应2，7对应3，8对应4）
键盘 1（2、3、4） --- 开始选人（注意 5对应1，6对应2，7对应3，8对应4）
键盘方向键左和右 --- 选人
键盘左 Ctrl ---确定人选
键盘左 Ctrl --- 攻击
键盘左 Alt --- 跳
键盘方向键 --- 移动（上、下、左、右）
键盘左 Ctrl + Alt --- 绝招（杀死敌人的同时会使自己失血）
