《火影忍者疾风传：究极觉醒3》是可以让四个人同时进行战斗的游戏。这个版本游戏大蛇状态兜，水月、香燐和重吾都会一起登录游戏，玩家将可以选择其进行对战。
本作作为系列的正统续作，将一改之前的双人对战模式，而改为最大4人同时对战。本作游戏的登场人物也将会紧跟动画版的内容，最新登场的人物大蛇状态兜，水月、香燐和重吾也将参战！
新作《火影忍者：疾风传究极觉醒3》导入了系列作首见的连线对战功能，可通过Ad Hoc模式连线让最多4名玩家4台PSP参与对战，并提供多样化的对战组合，包括传统的1对1单挑对战，各自为阵的4人大乱斗，2对2的组队合作对战，或是2对1甚至3对1的多人对单人对战。
在以往系列作中以方向键搭配按键来发动的忍术，在本作中改以按键来发动，借以对应多人对战下的即时反应，展开更具速度感的战斗。另外，当伙伴玩家彼此接近时，就会进入“连携签到”状态，此时只要按下按键即可联手施展强力的“连携忍术”。
方向键：控制方向；
摇杆：在故事模式中看地图；
○：攻击↓+○是重击；
□：使用飞行道具；
△：积攒查克拉；
×：跳跃（跳跃中按是二段跳，连按是高速移动）；
L：觉醒；
R：防御R+○(攻击瞬间)防御反击；
△○：忍术；
△△○：奥义（绯琉琥状态蝎，普通兜和学园鸣人以及学园佐助奥义没有攻击性）。
