《口袋怪兽水晶》是《口袋妖怪金银》的第三个版本，冒险地区一开始是城都地区，并且在通关后可以前往关东地区冒险，游戏剧情十分丰富，在冒险中，主人公还会碰见从烧焦塔苏醒的一只传说中的神奇宝贝，水君。在这个版本中还有一个新人物，米那君，梦想着能收服水君。
玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色，这是第一个可以选择女主人公的版本。
水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
增加雪拉比的GS球（道具）剧情，可以捕捉雪拉比。
阿鲁夫遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
部分神奇宝贝获得新的升级技能。
主人公在城都地区的若叶镇开始自己的旅行。首先要在空木博士处领取一只初学者神奇宝贝。此时主人公有三个选择：炎系的火球鼠，水系的小锯鳄，草系的菊草叶。之后，玩家就可以开始旅行了。
在旅行的途中，需要从坐落于各地的道馆收集八个徽章来获得挑战神奇宝贝联盟的资格，还需要与路上各式各样的训练家和野生神奇宝贝对战，并且收服想要的野生神奇宝贝，组成自己的对战队伍。主人公也需要与邪恶组织火箭队对抗，阻止他们复活的妄想。
主人公还可能在游戏中遇见传说中的神奇宝贝，如水君，炎帝与雷公，运气好的话还可以遇见凤王与洛奇亚，这些游戏要素都需要自己去发掘。
