口袋妖怪：漆黑的魅影神兽版添加了部分五代精灵特性、技能、道具。全面修改了PM升级技、遗传技和定点教学，复制特性和换装技能对复制以下特性后会立即触发一次。
急冻鸟：113号道路寒冰小径右上角，需要怪力术。
闪电鸟：流星瀑布最深处，绿宝石原版拿技能机器02“龙爪”的地方。
火焰鸟：冠军之路2层的右上角。
超梦：二周目，石之洞窟推石进入的洞里，与NPC对话选否获得破坏基因，之后去120号道路沉寂之窟。
梦幻：对战开拓区获得全部7个金象徽后与亚希达对话获得古老的海图，之后坐船去世界边缘。
雷公：新紫堇入口右拐。
炎帝：112号道路热焰小径左上角，需要怪力术。
水君：彩幽市瀑布洞。
洛奇亚：抓完关东三圣鸟后，去116道路的瀑布上的右边洞穴。
凤王：抓完城都三神兽后，去116道路的瀑布上的左边洞穴。
雪拉比：二周目，橙华森林湖中心的森林。
雷吉洛克：激活海底遗迹后111号道路沙漠最南端的沙漠遗迹。
雷吉艾斯：激活海底遗迹后105号水路西北方的小岛横穴。
雷吉斯奇鲁：激活海底遗迹后120号道路的古代坟墓。
海皇牙：同原版，二周目，询问天气研究所2楼的博士。
古拉顿：同原版，二周目，询问天气研究所2楼的博士。
裂空座：同原版，裂空座平息古拉顿、海皇牙战斗的剧情结束后，天空之柱顶楼。
对战场景：
5.0最先美化的地方之一，负责这部分素材制作的是最早支持这个刚刚诞生的改版的，同时也是最早帮助漆黑的魅影的美工制作的小A，这里使用了在他最早他的作品火红美化版中制作的对战背景素材，使得对战的背景界面美观了很多。
对战图片：
同样也是在漆黑的魅影诞生不久后就加入的美工不违规完成了几乎所有正统历代作品的重要NPC对战图片，当时虽然他已经一度退出了改版素材的制作，不过还是在我的一再请求下答应我完成这个工程量浩大的任务后才正式放弃了改版素材的制作。后来加入的天津老乡的美工hohola在原创人物的素材上绘制上十分出众，完成了相当数量的原创人物以及原版人物重绘的任务。
行走图：
小A对应完成了不违规和hohola制作的大量的对战图片对应的行走图片，由于色板上的限制，这个任务也是个很艰难且庞大的任务，但是小A还是很圆满的完成了这个任务，hohola也协助绘制了一些行走图。
地图块美化：
小A在本来已经打算退出改版界之后，也因为我的一再请求，答应同我一起为曾经的这份热爱画一个圆满的句号，在退出改版界前完成了地图素材的美化，是的现在5.0的地图素材比起4.5的而言有了不错的进步。
透明对话框：
后加入的技术组彼得做到的效果，原本学业繁忙的他抽空帮忙完成了这个效果并且协助不断尽心尽力地修复BUG，使得透明对话框的效果与小A的地图美化相得益彰。
