合金弹头6安全无毒硬盘版是一款经典的冒险闯关射击游戏。实际上是根据合金弹头3 Hack版重新制作而来，本版本可玩性还比较可以，出现了各种各样新奇的东西，那真是让人畅快淋漓。一出来就会有乌云跟着你，只要你开武器，便会帮助你电击敌人，威力惊人，同时敌人的出现也很多，一波接一波的，总之疯狂的前进吧！
因为火星人失去了火星之根，实力下降，金星人乘机入来侵，导致火星人源被大量残杀，火星人无奈逃回地球，再次与摩登元首结盟，希望摩登能帮助他们重新修复火星之根，但因为不知情的正规军与金星人的骚扰进度放缓百，最后摩登和火星人度祈求正规军帮助他们修复火星之根并告诉了正规军问金星人的阴谋，正规军明白后，与摩登的军队一起修复了火星之根，但金星人正好发起总攻，准答备侵略地球，万般无奈之下，火星之根与正规军结盟，开始对抗金星人。
合金弹头6的一个最大的全局变动就是利用乘物无敌这一特性的难度变大了。由于判定进入Slug机车的范围大幅变“矮”，主角在跳起后要经过更长的时间才能进入机车，况且进入机车后机车的无敌时间被削减了一半以上（此前进入机车之后闪光无敌的部分被全部移除），想要通过跳进跳出机车来保全自己的难度变得非常之大。此外，此前作品中Slug机车能够下降到判定主角摔死地形的BUFF也被移除，取而代之的是机车一旦下降到判定主角应该摔死的地形，那它就会自动爆炸，连带炸死机车内的主角。
弹药数的变动也十分明显。Hard难度下，武器拾取的弹药数变成和Bullet物品增加的弹药数一致（2H除外），这使得武器弹药数大幅下降，如何分配有限的弹药来最大化打击效果也成为了通关时要考虑的问题，而当蜂拥而上的敌人将原本就少的弹药迅速消耗完毕后，拼的就是谁的按键速度更快、保持更持久了。这一设定在7代改了回来。
此外还有一些小的变动，比如主角在移动时上半身上下抖动的效果移除，跳起时腿不弯（这一违背力学原理的设计在7代也改了回来）等。当然也修复了前作的一些BUG，如2H的Bullet只加10点等。
Mission 1-2
救出第一名人质获得I枪,收起(如果后面你不走上面的分支,可以不收),在如图位置有数条鱼。前面就是本关的分支点,此处有一架直升机和21名Morden兵,可以等到直升机飞到炸药包处,然后击毁炸药包可秒杀它,箭头方向就是上行分支。分支处上行后，在大坡下方的小坡用I射击，会出现数枚金币。上行的路只要注意不要摔死就可以了。
Mission 1-3A(上行分支)
在此分支一开始的地方(有很多人质和蝙蝠的地方),有4名Morden兵,如果在营救任一人质并消灭任一Morden兵之前将蝙蝠全部消灭,人质一个也不能救出(可以释放),就会出现100名Morden兵。
Mission 1-3B(下行分支此分支在取得F枪之后的大石处,此处圆圈处有火焰判定时,方块处会出现攻击判定,取得方法先跳起,在要着地的一瞬间发射F,然后立即向上射击,有数枚蓝宝石。在前行至3名人质处,出现Morden兵,此处上空有2只黑蝙蝠和一只金蝙蝠,在不杀死黑蝙蝠的情况下,杀死金蝙蝠,吃掉它得分30000,此时又会飞出一只金蝙蝠,再杀了吃掉,又会飞出一只,总共3只(这里有时间限制,如果版面可以动了,金蝙蝠就不会在出现)。再向前走走到版面不动时立即向后走,可以救到5名人质(这5名人质正在逃离版面，所以动作要快)。
BOSS
本关boss是一辆大型挖掘车,有2种形态。第一形态有3种攻击方式,第一种从底部放出一颗类似I枪的导弹,可打掉获得H枪。第二种Morden兵放高射炮,只要靠近boss就可以躲掉,但不要靠的太近,否则boss会辗你。第三种是投石,只要靠近boss或远离boss就可以躲掉,也不要离太远,离太远boss会前进,你的活动空间就会变小。等到将boss的盾牌打掉后,boss拿出它的钻头(第二形态),首先它会投石把你的路封掉,然后用钻头进行攻击,钻头分上段攻击和下段攻击,上段攻击只要下蹲就能躲过,下段攻击要跳跃过去(钻头和boss之间的连接杆无攻击判定)。Boss还有一种攻击是斜向钻,它会往45度的方向钻,天空种会有落石出现,只要用H枪扫就可以,如此循环就可将boss摧毁
