《最高指挥官2》是一款大型的3D即时战略游戏，玩家将担任最高指挥官，指挥的你军队来打赢战争！游戏背景是在前作的25年之后，因为刚上任的总统遭到暗杀，三个民族之间相互推卸责任和职责，摩擦接连不断，马上就要爆发大战，作为指挥官的你，能否承担这份责任呢？
整个银河系曾经由地球帝国统治。帝国后来因为过度膨胀而变得四分五裂，最终毁于一场贯穿整个银河系的内战。
在混乱当中崛起了三大阵营------统一地球联邦（UnitedEarthFederation），万古启示（AeonIlluminate）以及赛布兰国（CybranNation）。无法共存的他们在接下来的一千年里为银河系的统治权征战不息。
这场被称为“无尽之战”的战争吞噬了数十亿生灵。当更加巨大的威胁出现---一个被称为瑟拉芬(Serephim)的外星种族的侵略开始后，这场战争才被划上句号。面临全人类灭绝危机的三大阵营搁置了相互之间的斗争，组成了殖民防卫联盟（ColonialDefenseCoalition）对抗外星种族的威胁。
瑟拉芬被打败之后，联盟顺势成为了银河系的统治机构。联盟宣布的第一道法令，就是撤除作为远距离星系之间移动主要手段的量子闸门网络。这个法令有着重大象征意义：通过限制军队即时长距离调动的能力，大大降低了又一场肆虐整个银河系的战争爆发的可能性。当然作为代价，相隔遥远的殖民地之间被更大程度地隔绝开了，但大多数人认为代价值得。
因为相互隔绝，每一个星球都有自己的统治机构，每一块殖民地都有自己的总督。虽然三大阵营名义上各自独立并拥有自己的武装力量，但是他们都受同一套统治法规约束。
自无尽之战结束，银河系度过了大致和平的25年后，殖民防卫同盟慢慢地开分裂。联盟通过选举产生的新一任总统被刺杀后，所有联盟的成员都否认涉案并互相责难对方。一枚子弹引起的纷争到底会让全人类走向何方？
