冒险过程中收集口袋妖怪，并且培养其逐渐成长，之间会发生很多事件。主角使用被称为精灵球的道具，捕捉野生的口袋妖怪，捕捉到的妖怪可以作为伙伴一起冒险。
口袋妖怪珍珠的故事发生在一个新的大陆上，不过游戏中收录的口袋妖怪都是来自之前的作品。杉森建表示游戏开发者们目前正考虑在两款游戏中采用崭新形态的口袋妖怪，并且他们也在考虑设计现有口袋妖怪的新进化形态。虽然两款游戏中都不会有新增口袋妖怪，不过可以将两种口袋妖怪合成为新的口袋妖怪。电影中的口袋妖怪也会在游戏中出现，并且据称将会带给玩家很多惊喜。
键盘↑↓←→：十字键（控制方向）
X：按键A
Z：按键B
Q：按键L
W：按键Y
S：按键X
A：按键Y
Shift：按键Select
Enter：按键stsrt
NDS有2个屏幕，下面为触摸屏，模拟器里能用鼠标点击。
