口袋妖怪时之探险队自带全部金手指在这个故事开头，玩家昏迷在海滩上。由于进行时间旅行时的意外，使他/她成为了一只宝可梦。同时，玩家的搭档尝试鼓起勇气加入胖可丁公会，却退缩了。灰心的搭档沿著海滩散步，遇到了玩家，并告知玩家他/她变成了宝可梦。后来搭档持有的宝藏被超音蝠和瓦斯弹偷了，于是玩家和搭档把它抢回来。之后，搭档邀请玩家和它一起加入工会作为新成员。在后来的剧情，玩家发现自己有称作时空的呼唤的能力（触及某种物体后可以看到过去和未来）。
时之探险队/暗之探险队是由迷宫系列/电子音像小说系列闻名的Chunsoft开发，并在07年9月份发售的双版本口袋迷宫系列游戏，2个版本在出现的道具/口袋妖怪等方面略有差异；空之探险队由同社开发，于09年4月份发售，是时之探险队/暗之探险队的资料片，在这两部作品的基础上追加了5篇特殊剧情，加入了新道具/新迷宫等……细节方面也进行了强化。
在对话时，按A/B可以使对话继续。出现选择时，按↑/↓可以选择对应选项，然后按A确认。
在地图上，按↑↓← → 可以向指定方向行走，行走同时按住B可以跑步。按R键可以与副主角对话，按X键可以调出大地图菜单。走到任意NPC或者物体面前按A可与之互动。
在商店买卖道具，或者在银行存取道具时，按住L然后再按A键选择对应道具，可以一次性买卖/存取多个指定道具，按L+R键可以同时选择页面内所有道具。
在银行存取金币时，按← →可以选择位数（个十百千万等），按↑↓可以选择金额。
在迷宫中时，按↑↓← → 可以向指定方向行走，同时按住相邻方向可以斜向移动，如↓←一起按可以向左下方行动。按A作普通攻击，按B调出行囊，按START或Y配合方向键可以在不移动的情况下改变怪兽面对的方向，这在使用一些技能和物品时非常有用。按SELECT可以暂停游戏，再次按SELECT恢复。按X键可以调出迷宫菜单。按L+A可以使用绑定的技能，按L+R可以使用绑定的投掷道具，按L+B可以查看战斗记录，按A+B可以原地停留一回合。
