洛克人X3故事由天才雷普利机械人科学家多普勒博士而起(大概这个吧) . 异常的编程(因为西叔病毒)已经被压制了。他最伟大的发明 Neuro电脑保护者所有的已安装一个Neuro芯片的雷普利机械人以免变成一个异常者。 上百个高级的雷普利机械人开始了解多普勒博士，把他当成一种领导，然后开始加入他。他们一起建造了一个新的雷普利机械人和人类的乌托邦(理想国):多普勒城但是和平不会持续很久。就在多普勒城完成后的几个月，许多居住在那的雷普利机械人开始变得狂暴，还开始攻击其他雷普利和人类。他们奇迹地变成了异常者尽管他们安装了Neuro芯片。不久后人们就了解到，多普勒博士一定是这些攻击的后盾。现在，一个Mechaniloids军队正在攻击异常者猎人的总部。x和zero，正在从其他任务中返回， 必须阻止这个军队破坏猎人总部或者是更重要的事情他们必须阻止多普勒实行他曲折的计划无论它的后果怎么样……
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